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タイトルThe Ycf48 accessory factor occupies the site of the oxygen-evolving manganese cluster during photosystem II biogenesis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4681, Year 2023
掲載日2023年8月4日
著者Ziyu Zhao / Irene Vercellino / Jana Knoppová / Roman Sobotka / James W Murray / Peter J Nixon / Leonid A Sazanov / Josef Komenda /
PubMed 要旨Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly ...Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly factor binds to the newly synthesized D1 reaction center polypeptide and promotes the initial steps of PSII assembly, but its binding site is unclear. Here we use cryo-electron microscopy to determine the structure of a cyanobacterial PSII D1/D2 reaction center assembly complex with Ycf48 attached. Ycf48, a 7-bladed beta propeller, binds to the amino-acid residues of D1 that ultimately ligate the water-oxidising MnCaO cluster, thereby preventing the premature binding of Mn and Ca ions and protecting the site from damage. Interactions with D2 help explain how Ycf48 promotes assembly of the D1/D2 complex. Overall, our work provides valuable insights into the early stages of PSII assembly and the structural changes that create the binding site for the MnCaO cluster.
リンクNat Commun / PubMed:37542031 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.15 Å
構造データ

15522

8am5

EMDB-15522, PDB-8am5:
RCII/PSI complex, class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

15618

8asl

EMDB-15618, PDB-8asl:
RCII/PSI complex, class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

15621

8asp

EMDB-15621, PDB-8asp:
RCII/PSI complex, focused refinement of PSI
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-45D:
beta,beta-carotene-4,4'-dione / カンタキサンチン

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン

ChemComp-EQ3:
(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3′-ヒドロキシエキネノン

ChemComp-ZEX:
(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem / assembly factor / membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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