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タイトルPhylogenetic diversity of core rumen microbiota as described by cryo-ET.
ジャーナル・号・ページMicrolife, Vol. 4, Page uqad010, Year 2023
掲載日2023年3月23日
著者Benedikt H Wimmer / Sarah Moraïs / Ran Zalk / Itzhak Mizrahi / Ohad Medalia /
PubMed 要旨Microbial taxonomy is critical for describing ecosystem composition, yet the link between taxonomy and properties of microbes, such as their cellular architecture, remains poorly defined. We ...Microbial taxonomy is critical for describing ecosystem composition, yet the link between taxonomy and properties of microbes, such as their cellular architecture, remains poorly defined. We hypothesized that the cellular architecture represents microbial niche adaptation. We used cryo-electron microscopy and tomography to analyze microbial morphology in order to associate cellular architecture with phylogeny and genomic contents. As a model system, we chose the core rumen microbiome and imaged a large isolate collection covering 90% of its richness at the order level. Based on quantifications of several morphological features, we found that the visual similarity of microbiota is significantly related to their phylogenetic distance. Up to the level, closely related microbes have similar cellular architectures, which are highly correlated with genome similarity. However, in more distantly related bacteria, the correlation both with taxonomy and genome similarity is lost. This is the first comprehensive study of microbial cellular architecture and our results highlight that structure remains an important parameter in classification of microorganisms, along with functional parameters such as metabolomics. Furthermore, the high-quality images presented in this study represent a reference database for the identification of bacteria in anaerobic ecosystems.
リンクMicrolife / PubMed:37223726 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-15445: Cryo-electron tomogram of Agathobacter ruminis DSM 29029
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15447: Cryo-electron tomogram of Butyrivibrio fibrisolvens CF3
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15448: Cryo-electron tomogram of Pseudobutyrivibrio sp. LB2011
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15449: Cryo-electron tomogram of Wolinella sp. ATCC 33567
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16474: Cryo-electron tomogram of an intact Bacteroides caccae DSM 19024 cell.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16477: Cryo-electron tomogram of an intact Bacteroides cellulosyliticus CRE21 cell (DSM 14838)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16478: Cryo-electron tomogram of an intact Lachnospira multipara G6 (ATCC 19207) cell.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16479: Cryo-electron tomogram of a Roseburia intestinalis DSM 14610 cell.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16488: Cryo-electron tomogram of an intact Bacteroides thetaiotaomicron DSM 2079 cell.
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Agathobacter ruminis (バクテリア)
  • Butyrivibrio fibrisolvens (バクテリア)
  • Pseudobutyrivibrio sp. (バクテリア)
  • Wolinella succinogenes (バクテリア)
  • Bacteroides caccae (バクテリア)
  • Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)
  • Lachnospira multipara ATCC 19207 (バクテリア)
  • Roseburia intestinalis L1-82 (バクテリア)
  • Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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