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タイトルFine-mapping the immunodominant antibody epitopes on consensus sequence-based HIV-1 envelope trimer vaccine candidates.
ジャーナル・号・ページNPJ Vaccines, Vol. 7, Issue 1, Page 152, Year 2022
掲載日2022年11月25日
著者E I M M Reiss / M M van Haaren / J van Schooten / M A F Claireaux / P Maisonnasse / A Antanasijevic / J D Allen / I Bontjer / J L Torres / W-H Lee / G Ozorowski / N Vázquez Bernat / M Kaduk / Y Aldon / J A Burger / H Chawla / A Aartse / M Tolazzi / H Gao / P Mundsperger / M Crispin / D C Montefiori / G B Karlsson Hedestam / G Scarlatti / A B Ward / R Le Grand / R Shattock / N Dereuddre-Bosquet / R W Sanders / M J van Gils /
PubMed 要旨The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer is the key target for vaccines aimed at inducing neutralizing antibodies (NAbs) against HIV-1. The clinical candidate immunogen ConM SOSIP.v7 is a ...The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer is the key target for vaccines aimed at inducing neutralizing antibodies (NAbs) against HIV-1. The clinical candidate immunogen ConM SOSIP.v7 is a stabilized native-like HIV-1 Env trimer based on an artificial consensus sequence of all HIV-1 isolates in group M. In preclinical studies ConM SOSIP.v7 trimers induced strong autologous NAb responses in non-human primates (NHPs). To fine-map these responses, we isolated monoclonal antibodies (mAbs) from six cynomolgus macaques that were immunized three times with ConM SOSIP.v7 protein and boosted twice with the closely related ConSOSL.UFO.664 immunogen. A total of 40 ConM and/or ConS-specific mAbs were isolated, of which 18 were retrieved after the three ConM SOSIP.v7 immunizations and 22 after the two immunizations with ConSOSL.UFO.664. 22 mAbs (55%) neutralized the ConM and/or ConS virus. Cross-neutralization of ConS virus by approximately one-third of the mAbs was seen prior to ConSOSL.UFO.664 immunization, albeit with modest potency. Neutralizing antibodies predominantly targeted the V1 and V2 regions of the immunogens, with an apparent extension towards the V3 region. Thus, the V1V2V3 region is immunodominant in the potent NAb response elicited by two consensus sequence native-like HIV-1 Env immunogens. Immunization with these soluble consensus Env proteins also elicited non-neutralizing mAbs targeting the trimer base. These results inform the use and improvement of consensus-based trimer immunogens in combinatorial vaccine strategies.
リンクNPJ Vaccines / PubMed:36433972 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度25.0 Å
構造データ

EMDB-14888: CM01B in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14889: CM05A1 in complex with conM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14890: CM02A in complex with conM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14891: CM04F in complex with conM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14892: CM03B in complex with conM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14893: CM05E in complex with conM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14894: CM05L in complex with conM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14895: NHP MCM02 wk26 N355/N289 pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14896: NHP MCM04 wk26 base pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14897: NHP MCM04 wk26 N611 pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14898: NHP MCM05 wk26 V1V2V3 and base pAbs in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14899: NHP MCM06 wk26 base and N611 pAbs in complex with ConS SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14900: NHP MCM02 wk26 N355/N289 pAb in complex with ConS SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14901: NHP CCK046 wk70 base pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14902: NHP MCM06 wk70 N355/N289 pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14903: NHP MCM06 wk70 N611 pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14904: NHP MCM04 wk70 V1V2V3 pAb in complex with ConM SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14905: NHP MCM03 wk70 base pAb in complex with ConS SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14906: NHP MCM04 wk70 N611 pAb in complex with ConS SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14907: NHP MCM04 wk70 V1V2V3 pAb in complex with ConS SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-14908: NHP MCM06 wk70 N355/N289 pAb in complex with ConS SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Macaca fascicularis (カニクイザル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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