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タイトルThe trispecific DARPin ensovibep inhibits diverse SARS-CoV-2 variants.
ジャーナル・号・ページNat Biotechnol, Vol. 40, Issue 12, Page 1845-1854, Year 2022
掲載日2022年7月21日
著者Sylvia Rothenberger / Daniel L Hurdiss / Marcel Walser / Francesca Malvezzi / Jennifer Mayor / Sarah Ryter / Hector Moreno / Nicole Liechti / Andreas Bosshart / Chloé Iss / Valérie Calabro / Andreas Cornelius / Tanja Hospodarsch / Alexandra Neculcea / Thamar Looser / Anja Schlegel / Simon Fontaine / Denis Villemagne / Maria Paladino / Dieter Schiegg / Susanne Mangold / Christian Reichen / Filip Radom / Yvonne Kaufmann / Doris Schaible / Iris Schlegel / Christof Zitt / Gabriel Sigrist / Marcel Straumann / Julia Wolter / Marco Comby / Feyza Sacarcelik / Ieva Drulyte / Heyrhyoung Lyoo / Chunyan Wang / Wentao Li / Wenjuan Du / H Kaspar Binz / Rachel Herrup / Sabrina Lusvarghi / Sabari Nath Neerukonda / Russell Vassell / Wei Wang / Julia M Adler / Kathrin Eschke / Mariana Nascimento / Azza Abdelgawad / Achim D Gruber / Judith Bushe / Olivia Kershaw / Charles G Knutson / Kamal K Balavenkatraman / Krishnan Ramanathan / Emanuel Wyler / Luiz Gustavo Teixeira Alves / Seth Lewis / Randall Watson / Micha A Haeuptle / Alexander Zürcher / Keith M Dawson / Daniel Steiner / Carol D Weiss / Patrick Amstutz / Frank J M van Kuppeveld / Michael T Stumpp / Berend-Jan Bosch / Olivier Engler / Jakob Trimpert /
PubMed 要旨The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with potential resistance to existing drugs emphasizes the need for new therapeutic modalities with broad ...The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with potential resistance to existing drugs emphasizes the need for new therapeutic modalities with broad variant activity. Here we show that ensovibep, a trispecific DARPin (designed ankyrin repeat protein) clinical candidate, can engage the three units of the spike protein trimer of SARS-CoV-2 and inhibit ACE2 binding with high potency, as revealed by cryo-electron microscopy analysis. The cooperative binding together with the complementarity of the three DARPin modules enable ensovibep to inhibit frequent SARS-CoV-2 variants, including Omicron sublineages BA.1 and BA.2. In Roborovski dwarf hamsters infected with SARS-CoV-2, ensovibep reduced fatality similarly to a standard-of-care monoclonal antibody (mAb) cocktail. When used as a single agent in viral passaging experiments in vitro, ensovibep reduced the emergence of escape mutations in a similar fashion to the same mAb cocktail. These results support further clinical evaluation of ensovibep as a broad variant alternative to existing targeted therapies for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).
リンクNat Biotechnol / PubMed:35864170 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 9.6 Å
構造データ

EMDB-11953: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1) - Composite Map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-11954: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-14810: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1) - Consensus Map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-14811: SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with monovalent DARPin R2 (State 1) - Focused Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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