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タイトルThree-dimensional structure of canine adenovirus serotype 2 capsid.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 82, Issue 7, Page 3192-3203, Year 2008
掲載日2008年1月23日
著者Guy Schoehn / Majida El Bakkouri / Céline M S Fabry / Oliver Billet / Leandro F Estrozi / Long Le / David T Curiel / Andrey V Kajava / Rob W H Ruigrok / Eric J Kremer /
PubMed 要旨There are more than 100 known adenovirus (AdV) serotypes, including 50 human serotypes. Because AdV-induced disease is relatively species specific, vectors derived from nonhuman serotypes may have ...There are more than 100 known adenovirus (AdV) serotypes, including 50 human serotypes. Because AdV-induced disease is relatively species specific, vectors derived from nonhuman serotypes may have wider clinical potential based, in part, on the lack of ubiquitous memory immunity. Whereas a few of the human serotype capsids have been studied at the structural level, none of the nonhuman serotypes has been analyzed. The basis laid by the analysis of human AdV (hAdV) has allowed us to determine and compare the three-dimensional structure of the capsid of canine serotype 2 (CAV-2) to that of hAdV serotype 5 (hAdV-5). We show that CAV-2 capsid has a smoother structure than the human serotypes. Many of the external loops found in the hAdV-5 penton base and the hexon, against which the antibody response is directed, are shorter or absent in CAV-2. On the other hand, the CAV-2 fiber appears to be more complex, with two bends in the shaft. An interesting difference between the human and canine viruses is that the C-terminal part of protein IX is in a different position, making an antenna sticking out of the CAV-2 capsid. The comparison between the two viruses allows the identification of sites that should be easy to modify on the CAV-2 capsid for altering tissue tropism or other biological activities.
リンクJ Virol / PubMed:18216088 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度12.0 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-1462:
Three-dimensional structure of canine adenovirus serotype 2 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-1463:
Three-dimensional structure of canine adenovirus serotype 2 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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