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Structure paper

タイトルStructural inventory of cotranslational protein folding by the eukaryotic RAC complex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 5, Page 670-677, Year 2023
掲載日2023年4月20日
著者Miglė Kišonaitė / Klemens Wild / Karine Lapouge / Genís Valentín Gesé / Nikola Kellner / Ed Hurt / Irmgard Sinning /
PubMed 要旨The challenge of nascent chain folding at the ribosome is met by the conserved ribosome-associated complex (RAC), which forms a chaperone triad with the Hsp70 protein Ssb in fungi, and consists of ...The challenge of nascent chain folding at the ribosome is met by the conserved ribosome-associated complex (RAC), which forms a chaperone triad with the Hsp70 protein Ssb in fungi, and consists of the non-canonical Hsp70 Ssz1 and the J domain protein Zuotin (Zuo1). Here we determine cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RAC bound to 80S ribosomes. RAC adopts two distinct conformations accommodating continuous ribosomal rotation by a flexible lever arm. It is held together by a tight interaction between the Ssz1 substrate-binding domain and the Zuo1 N terminus, and additional contacts between the Ssz1 nucleotide-binding domain and Zuo1 J- and Zuo1 homology domains, which form a rigid unit. The Zuo1 HPD motif conserved in J-proteins is masked in a non-canonical interaction by the Ssz1 nucleotide-binding domain, and allows the positioning of Ssb for activation by Zuo1. Overall, we provide the basis for understanding how RAC cooperates with Ssb in a dynamic nascent chain interaction and protein folding.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37081320 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.3 Å
構造データ

14479

7z3n

EMDB-14479, PDB-7z3n:
Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-1 conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

14480

7z3o

EMDB-14480, PDB-7z3o:
Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-2 conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
  • thermochaetoides thermophila dsm 1495 (菌類)
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / RAC / ribosome-associated complex / thermophilic eukaryotic ribosome / 80S

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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