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Structure paper

タイトルVisualising the cytoskeletal machinery in neuronal growth cones using cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページJ Cell Sci, Vol. 135, Issue 7, Year 2022
掲載日2022年4月1日
著者Joseph Atherton / Melissa Stouffer / Fiona Francis / Carolyn A Moores /
PubMed 要旨Neurons extend axons to form the complex circuitry of the mature brain. This depends on the coordinated response and continuous remodelling of the microtubule and F-actin networks in the axonal ...Neurons extend axons to form the complex circuitry of the mature brain. This depends on the coordinated response and continuous remodelling of the microtubule and F-actin networks in the axonal growth cone. Growth cone architecture remains poorly understood at nanoscales. We therefore investigated mouse hippocampal neuron growth cones using cryo-electron tomography to directly visualise their three-dimensional subcellular architecture with molecular detail. Our data showed that the hexagonal arrays of actin bundles that form filopodia penetrate and terminate deep within the growth cone interior. We directly observed the modulation of these and other growth cone actin bundles by alteration of individual F-actin helical structures. Microtubules with blunt, slightly flared or gently curved ends predominated in the growth cone, frequently contained lumenal particles and exhibited lattice defects. Investigation of the effect of absence of doublecortin, a neurodevelopmental cytoskeleton regulator, on growth cone cytoskeleton showed no major anomalies in overall growth cone organisation or in F-actin subpopulations. However, our data suggested that microtubules sustained more structural defects, highlighting the importance of microtubule integrity during growth cone migration.
リンクJ Cell Sci / PubMed:35383828 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度27.0 - 31.0 Å
構造データ

EMDB-14386: In situ subtomogram average of long-repeat F-actin from neuronal growth cones
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-14395: In situ subtomogram average of short-repeat F-actin from neuronal growth cones
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.0 Å

EMDB-14396: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14397: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (P-zone), 4 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14400: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (C-zone), 4 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14401: Tomogram of doublecortin knock-out mouse neuronal growth cone (C-zone), 4 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14402: Tomogram of doublecortin knock-out mouse neuronal growth cone (P-zone), 4 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14414: Tomogram of doublecortin knock-out mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14416: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (P-zone), 2 x binned, processed.
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Mus (ネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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