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Structure paper

タイトルUltrastructural insight into SARS-CoV-2 entry and budding in human airway epithelium.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1609, Year 2022
掲載日2022年3月25日
著者Andreia L Pinto / Ranjit K Rai / Jonathan C Brown / Paul Griffin / James R Edgar / Anand Shah / Aran Singanayagam / Claire Hogg / Wendy S Barclay / Clare E Futter / Thomas Burgoyne /
PubMed 要旨Ultrastructural studies of SARS-CoV-2 infected cells are crucial to better understand the mechanisms of viral entry and budding within host cells. Here, we examined human airway epithelium infected ...Ultrastructural studies of SARS-CoV-2 infected cells are crucial to better understand the mechanisms of viral entry and budding within host cells. Here, we examined human airway epithelium infected with three different isolates of SARS-CoV-2 including the B.1.1.7 variant by transmission electron microscopy and tomography. For all isolates, the virus infected ciliated but not goblet epithelial cells. Key SARS-CoV-2 entry molecules, ACE2 and TMPRSS2, were found to be localised to the plasma membrane including microvilli but excluded from cilia. Consistently, extracellular virions were seen associated with microvilli and the apical plasma membrane but rarely with ciliary membranes. Profiles indicative of viral fusion where tomography showed that the viral membrane was continuous with the apical plasma membrane and the nucleocapsids diluted, compared with unfused virus, demonstrate that the plasma membrane is one site of entry where direct fusion releasing the nucleoprotein-encapsidated genome occurs. Intact intracellular virions were found within ciliated cells in compartments with a single membrane bearing S glycoprotein. Tomography showed concentration of nucleocapsids round the periphery of profiles strongly suggestive of viral budding into these compartments and this may explain how virions gain their S glycoprotein containing envelope.
リンクNat Commun / PubMed:35338134 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-14359: Tomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like profile within a viral containing compartment
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14361: Tomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like profile within a viral containing compartment
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14363: Tomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like profile within a viral containing compartment
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14364: Tomogram showing SARS-CoV-2 S glycoprotein on the membrane of a viral containing compartment
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14365: Tomogram showing SARS-CoV-2 S glycoprotein on the membrane of a viral containing compartment
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14366: Tomogram of a SARS-CoV-2 virion fused to the plasma membrane of a ciliated airway cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14367: Tomogram showing SARS-CoV-2 virions within a viral containing compartment of an infected airway cell
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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