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タイトルExploring high-resolution cryo-ET and subtomogram averaging capabilities of contemporary DEDs.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 214, Issue 2, Page 107852, Year 2022
掲載日2022年3月26日
著者Martin Obr / Wim J H Hagen / Robert A Dick / Lingbo Yu / Abhay Kotecha / Florian K M Schur /
PubMed 要旨The potential of energy filtering and direct electron detection for cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been well documented. Here, we assess the performance of recently introduced hardware for ...The potential of energy filtering and direct electron detection for cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been well documented. Here, we assess the performance of recently introduced hardware for cryo-electron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA), an increasingly popular structural determination method for complex 3D specimens. We acquired cryo-ET datasets of EIAV virus-like particles (VLPs) on two contemporary cryo-EM systems equipped with different energy filters and direct electron detectors (DED), specifically a Krios G4, equipped with a cold field emission gun (CFEG), Thermo Fisher Scientific Selectris X energy filter, and a Falcon 4 DED; and a Krios G3i, with a Schottky field emission gun (XFEG), a Gatan Bioquantum energy filter, and a K3 DED. We performed constrained cross-correlation-based STA on equally sized datasets acquired on the respective systems. The resulting EIAV CA hexamer reconstructions show that both systems perform comparably in the 4-6 Å resolution range based on Fourier-Shell correlation (FSC). In addition, by employing a recently introduced multiparticle refinement approach, we obtained a reconstruction of the EIAV CA hexamer at 2.9 Å. Our results demonstrate the potential of the new generation of energy filters and DEDs for STA, and the effects of using different processing pipelines on their STA outcomes.
リンクJ Struct Biol / PubMed:35351542
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-14031:
Structure of the EIAV CA-SP hexamer (C6), acquired on a Krios 4, Selectris/Falcon4, processed with Relion/M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-14032: Structure of the EIAV CA-SP2 hexamer (C2), acquired on Krios G4, Selectris/Falcon4, processed with Relion/M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-14033:
Structure of the EIAV CA-SP hexamer (C6), acquired on Krios 3Gi/Bioquantum K3, processed with Relion/M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-14034: Structure of the EIAV CA-SP hexamer (C2), acquired on Krios 3Gi/Gatan Bioquantum K3, processed with Relion/M
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-14035:
Structure of the EIAV CA-SP hexamer (C6), acquired on Krios4, Selectris/Falcon4, processed with AV3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-14036:
Cryo-electron tomogram of EIAV CASPNC VLPs, acquired on Krios G4, Selectris/Falcon4
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-14037:
Cryo-electron tomogram of EIAV CASPNC VLPs, acquired on Krios 3Gi, Bioquantum K3
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
  • Escherichia coli (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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