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Structure paper

タイトルCryo-EM and artificial intelligence visualize endogenous protein community members.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 30, Issue 4, Page 575-589.e6, Year 2022
掲載日2022年4月7日
著者Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Grzegorz Chojnowski / Panagiotis L Kastritis /
PubMed 要旨Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and ...Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and thioesters of coenzyme-A synthesis. Metabolons are highly heterogeneous due to their function, making their analysis particularly challenging. Here, we simultaneously characterize metabolon-embedded architectures of a 60S pre-ribosome, fatty acid synthase, and pyruvate/oxoglutarate dehydrogenase complex E2 cores de novo. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) 3D reconstructions are resolved at 3.84-4.52 Å resolution by collecting <3,000 micrographs of a single cellular fraction. After combining cryo-EM with artificial intelligence-based atomic modeling and de novo sequence identification methods, at this resolution range, polypeptide hydrogen bonding patterns are discernible. Residing molecular components resemble their purified counterparts from other eukaryotes but also exhibit substantial conformational variation with potential functional implications. Our results propose an integrated tool, boosted by machine learning, that opens doors for structural systems biology spearheaded by cryo-EM characterization of native cell extracts.
リンクStructure / PubMed:35093201
手法EM (単粒子)
解像度3.84 - 4.52 Å
構造データ

EMDB-13093:
Immature 60S Ribosomal Subunit from C. thermophilum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.52 Å

13844

7q5q

EMDB-13844, PDB-7q5q:
Protein community member oxoglutarate dehydrogenase complex E2 core from C. thermophilum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.38 Å

13845

7q5r

EMDB-13845, PDB-7q5r:
Protein community member pyruvate dehydrogenase complex E2 core from C. thermophilum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

13846

7q5s

EMDB-13846, PDB-7q5s:
Protein community member fatty acid synthase complex from C. thermophilum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.47 Å

由来
  • chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495 (菌類)
  • chaetomium thermophilum (strain dsm 1495 / cbs 144.50 / imi 039719) (菌類)
キーワードTRANSFERASE / Dihydrolipoyl Succinyltransferase / E2 / Oxoglutarate / a-Ketoglutarate / Dihydrolipoyl / transacetylase / Pyruvate / Fatty Acid Synthase / complex / chaetomium / thermophilum / fatty / acid / synthesis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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