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タイトルRegulation of the macrolide resistance ABC-F translation factor MsrD.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3891, Year 2023
掲載日2023年7月1日
著者Corentin R Fostier / Farès Ousalem / Elodie C Leroy / Saravuth Ngo / Heddy Soufari / C Axel Innis / Yaser Hashem / Grégory Boël /
PubMed 要旨Antibiotic resistance ABC-Fs (ARE ABC-Fs) are translation factors that provide resistance against clinically important ribosome-targeting antibiotics which are proliferating among pathogens. Here, we ...Antibiotic resistance ABC-Fs (ARE ABC-Fs) are translation factors that provide resistance against clinically important ribosome-targeting antibiotics which are proliferating among pathogens. Here, we combine genetic and structural approaches to determine the regulation of streptococcal ARE ABC-F gene msrD in response to macrolide exposure. We show that binding of cladinose-containing macrolides to the ribosome prompts insertion of the leader peptide MsrDL into a crevice of the ribosomal exit tunnel, which is conserved throughout bacteria and eukaryotes. This leads to a local rearrangement of the 23 S rRNA that prevents peptide bond formation and accommodation of release factors. The stalled ribosome obstructs the formation of a Rho-independent terminator structure that prevents msrD transcriptional attenuation. Erythromycin induction of msrD expression via MsrDL, is suppressed by ectopic expression of mrsD, but not by mutants which do not provide antibiotic resistance, showing correlation between MsrD function in antibiotic resistance and its action on this stalled complex.
リンクNat Commun / PubMed:37393329 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.3 Å
構造データ

13805

7q4k

EMDB-13805, PDB-7q4k:
Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-13806: 50S LSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-13807: 30S-body SSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-13808: 30S-head SSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ERY:
ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン / 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / protein synthesis / antibiotic resistance / ARE ABC-F protein family / leader peptide / cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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