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Structure paper

タイトルMg-dependent conformational equilibria in CorA and an integrated view on transport regulation.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年2月7日
著者Nicolai Tidemand Johansen / Marta Bonaccorsi / Tone Bengtsen / Andreas Haahr Larsen / Frederik Grønbæk Tidemand / Martin Cramer Pedersen / Pie Huda / Jens Berndtsson / Tamim Darwish / Nageshewar Rao Yepuri / Anne Martel / Thomas Günther Pomorski / Andrea Bertarello / Mark Sansom / Mikaela Rapp / Ramon Crehuet / Tobias Schubeis / Kresten Lindorff-Larsen / Guido Pintacuda / Lise Arleth /
PubMed 要旨The CorA family of proteins regulates the homeostasis of divalent metal ions in many bacteria, archaea, and eukaryotic mitochondria, making it an important target in the investigation of the ...The CorA family of proteins regulates the homeostasis of divalent metal ions in many bacteria, archaea, and eukaryotic mitochondria, making it an important target in the investigation of the mechanisms of transport and its functional regulation. Although numerous structures of open and closed channels are now available for the CorA family, the mechanism of the transport regulation remains elusive. Here, we investigated the conformational distribution and associated dynamic behaviour of the pentameric Mg channel CorA at room temperature using small-angle neutron scattering (SANS) in combination with molecular dynamics (MD) simulations and solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR). We find that neither the Mg-bound closed structure nor the Mg-free open forms are sufficient to explain the average conformation of CorA. Our data support the presence of conformational equilibria between multiple states, and we further find a variation in the behaviour of the backbone dynamics with and without Mg. We propose that CorA must be in a dynamic equilibrium between different non-conducting states, both symmetric and asymmetric, regardless of bound Mg but that conducting states become more populated in Mg-free conditions. These properties are regulated by backbone dynamics and are key to understanding the functional regulation of CorA.
リンクElife / PubMed:35129435 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度15.0 - 16.0 Å
構造データ

EMDB-13326:
T. maritima CorA in DDM micelles without Mg2+ bound in D2O
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-13327:
T. maritima CorA in DDM micelles with Mg2+ bound in D2O
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

由来
  • Thermotoga maritima (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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