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タイトルCUL5-ARIH2 E3-E3 ubiquitin ligase structure reveals cullin-specific NEDD8 activation.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 17, Issue 10, Page 1075-1083, Year 2021
掲載日2021年9月13日
著者Sebastian Kostrhon / J Rajan Prabu / Kheewoong Baek / Daniel Horn-Ghetko / Susanne von Gronau / Maren Klügel / Jérôme Basquin / Arno F Alpi / Brenda A Schulman /
PubMed 要旨An emerging mechanism of ubiquitylation involves partnering of two distinct E3 ligases. In the best-characterized E3-E3 pathways, ARIH-family RING-between-RING (RBR) E3s ligate ubiquitin to ...An emerging mechanism of ubiquitylation involves partnering of two distinct E3 ligases. In the best-characterized E3-E3 pathways, ARIH-family RING-between-RING (RBR) E3s ligate ubiquitin to substrates of neddylated cullin-RING E3s. The E3 ARIH2 has been implicated in ubiquitylation of substrates of neddylated CUL5-RBX2-based E3s, including APOBEC3-family substrates of the host E3 hijacked by HIV-1 virion infectivity factor (Vif). However, the structural mechanisms remained elusive. Here structural and biochemical analyses reveal distinctive ARIH2 autoinhibition, and activation on assembly with neddylated CUL5-RBX2. Comparison to structures of E3-E3 assemblies comprising ARIH1 and neddylated CUL1-RBX1-based E3s shows cullin-specific regulation by NEDD8. Whereas CUL1-linked NEDD8 directly recruits ARIH1, CUL5-linked NEDD8 does not bind ARIH2. Instead, the data reveal an allosteric mechanism. NEDD8 uniquely contacts covalently linked CUL5, and elicits structural rearrangements that unveil cryptic ARIH2-binding sites. The data reveal how a ubiquitin-like protein induces protein-protein interactions indirectly, through allostery. Allosteric specificity of ubiquitin-like protein modifications may offer opportunities for therapeutic targeting.
リンクNat Chem Biol / PubMed:34518685 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.45 - 6.8 Å
構造データ

12995

7oni

EMDB-12995, PDB-7oni:
Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2*
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-12998:
Structure of Neddylated CRL5Vif-CBFbeta-ARIH2*-APOBEC3C (A3C fullcomplex consensus )
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-12999:
Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2* ( A3G E3-E3 catalytic focused )
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-13000:
Structure of Neddylated CRL5Vif-CBFbeta-ARIH2*-APOBEC3C (A3C consensus )
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-13001:
Structure of Neddylated CRL5Vif-CBFbeta-ARIH2*-APOBEC3G ( A3G consensus )
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

PDB-7od1:
Crystal structure of RBR ubiquitin ligase ARIH2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / TRIAD1 / ARIH2 / RBR / Ubiquitin / E3 Ligase / CUL5 / NEDD8 / UBQ / RBX2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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