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タイトルGating movements and ion permeation in HCN4 pacemaker channels.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 14, Page 2929-22943.e6, Year 2021
掲載日2021年7月15日
著者Andrea Saponaro / Daniel Bauer / M Hunter Giese / Paolo Swuec / Alessandro Porro / Federica Gasparri / Atiyeh Sadat Sharifzadeh / Antonio Chaves-Sanjuan / Laura Alberio / Giacomo Parisi / Gabriele Cerutti / Oliver B Clarke / Kay Hamacher / Henry M Colecraft / Filippo Mancia / Wayne A Hendrickson / Steven A Siegelbaum / Dario DiFrancesco / Martino Bolognesi / Gerhard Thiel / Bina Santoro / Anna Moroni /
PubMed 要旨The HCN1-4 channel family is responsible for the hyperpolarization-activated cation current I/I that controls automaticity in cardiac and neuronal pacemaker cells. We present cryoelectron microscopy ...The HCN1-4 channel family is responsible for the hyperpolarization-activated cation current I/I that controls automaticity in cardiac and neuronal pacemaker cells. We present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of HCN4 in the presence or absence of bound cAMP, displaying the pore domain in closed and open conformations. Analysis of cAMP-bound and -unbound structures sheds light on how ligand-induced transitions in the channel cytosolic portion mediate the effect of cAMP on channel gating and highlights the regulatory role of a Mg coordination site formed between the C-linker and the S4-S5 linker. Comparison of open/closed pore states shows that the cytosolic gate opens through concerted movements of the S5 and S6 transmembrane helices. Furthermore, in combination with molecular dynamics analyses, the open pore structures provide insights into the mechanisms of K/Na permeation. Our results contribute mechanistic understanding on HCN channel gating, cyclic nucleotide-dependent modulation, and ion permeation.
リンクMol Cell / PubMed:34166608 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.6 Å
構造データ

12466

7nmn

EMDB-12466, PDB-7nmn:
Rabbit HCN4 stabilised in amphipol A8-35
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

12512

7np3

EMDB-12512, PDB-7np3:
cAMP-free rabbit HCN4 stabilized in LMNG-CHS detergent mixture
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

12513

7np4

EMDB-12513, PDB-7np4:
cAMP-bound rabbit HCN4 stabilized in LMNG-CHS detergent mixture
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-CMP:
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / ion channels / HCN channels / cAMP / ion transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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