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タイトルStructure of the mature Rous sarcoma virus lattice reveals a role for IP6 in the formation of the capsid hexamer.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 3226, Year 2021
掲載日2021年5月28日
著者Martin Obr / Clifton L Ricana / Nadia Nikulin / Jon-Philip R Feathers / Marco Klanschnig / Andreas Thader / Marc C Johnson / Volker M Vogt / Florian K M Schur / Robert A Dick /
PubMed 要旨Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold ...Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold more potent at promoting RSV mature capsid protein (CA) assembly than observed for HIV-1 and removal of IP6 in cells reduces infectivity by 100-fold. Here, visualized by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, mature capsid-like particles show an IP6-like density in the CA hexamer, coordinated by rings of six lysines and six arginines. Phosphate and IP6 have opposing effects on CA in vitro assembly, inducing formation of T = 1 icosahedrons and tubes, respectively, implying that phosphate promotes pentamer and IP6 hexamer formation. Subtomogram averaging and classification optimized for analysis of pleomorphic retrovirus particles reveal that the heterogeneity of mature RSV CA polyhedrons results from an unexpected, intrinsic CA hexamer flexibility. In contrast, the CA pentamer forms rigid units organizing the local architecture. These different features of hexamers and pentamers determine the structural mechanism to form CA polyhedrons of variable shape in mature RSV particles.
リンクNat Commun / PubMed:34050170 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度3.1 - 9.1 Å
構造データ

12485

7no0

EMDB-12485, PDB-7no0:
Structure of the mature RSV CA lattice: T=1 CA icosahedron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

12486

7no1

EMDB-12486, PDB-7no1:
Structure of the mature RSV CA lattice: T=3 CA icosahedron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

12487

7no2

EMDB-12487, PDB-7no2:
Structure of the mature RSV CA lattice: hexamer derived from tubes (C2-symmetric)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.3 Å

12488

7no3

EMDB-12488, PDB-7no3:
Structure of the mature RSV CA lattice: pentamer derived from polyhedral VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.8 Å

12489

7no4

EMDB-12489, PDB-7no4:
Structure of the mature RSV CA lattice: hexamer with 3 adjacent pentamers (C3 symmetric)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

12490

7no5

EMDB-12490, PDB-7no5:
Structure of the mature RSV CA lattice: hexamer with 2 adjacent pentamers (C2 symmetric)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.4 Å

12491

7no6

EMDB-12491, PDB-7no6:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group I, pentamer-hexamer interface, class 1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.0 Å

12492

7no7

EMDB-12492, PDB-7no7:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group I, pentamer-hexamer interface, class 1"2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

12493

7no8

EMDB-12493, PDB-7no8:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group I, pentamer-hexamer interface, class 1"6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.9 Å

12494

7no9

EMDB-12494, PDB-7no9:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group I, pentamer-pentamer interface, class 1'1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.6 Å

12495

7noa

EMDB-12495, PDB-7noa:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group II, hexamer-hexamer interface, class 6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.4 Å

12496

7nob

EMDB-12496, PDB-7nob:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group II, hexamer-hexamer interface, class 2'6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

12497

7noc

EMDB-12497, PDB-7noc:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group III, hexamer-hexamer interface, class 3'3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.8 Å

12498

7nod

EMDB-12498, PDB-7nod:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group III, hexamer-hexamer interface, class 3'4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.8 Å

12499

7noe

EMDB-12499, PDB-7noe:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group III, hexamer-hexamer interface, class 3'5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

12500

7nof

EMDB-12500, PDB-7nof:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group III, hexamer-hexamer interface, class 4'4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.6 Å

12501

7nog

EMDB-12501, PDB-7nog:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group III, hexamer-hexamer interface, class 4'5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.8 Å

12502

7noh

EMDB-12502, PDB-7noh:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group III, hexamer-hexamer interface, class 5'5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.1 Å

12503

7noi

EMDB-12503, PDB-7noi:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 3'Alpha
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.2 Å

12504

7noj

EMDB-12504, PDB-7noj:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 3'Beta
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

12505

7nok

EMDB-12505, PDB-7nok:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 3'Gamma
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

12506

7nol

EMDB-12506, PDB-7nol:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 4'Alpha
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.2 Å

12507

7nom

EMDB-12507, PDB-7nom:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 4'Beta
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

12508

7non

EMDB-12508, PDB-7non:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 4'Gamma
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.8 Å

12509

7noo

EMDB-12509, PDB-7noo:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 5'Alpha
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.9 Å

12510

7nop

EMDB-12510, PDB-7nop:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 5'Beta
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.8 Å

12511

7noq

EMDB-12511, PDB-7noq:
Structure of the mature RSV CA lattice: Group IV, hexamer-hexamer interface, class 5'Gamma
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-12774:
Cryo-electron tomogram of mature RSV CANC CLPs
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • rous sarcoma virus (strain prague c) (ラウス肉腫ウイルス)
  • Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Retrovirus / Rous sarcoma virus / capsid protein / IP6

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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