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タイトルMolecular landscape of etioplast inner membranes in higher plants.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 7, Issue 4, Page 514-523, Year 2021
掲載日2021年4月19日
著者Davide Floris / Werner Kühlbrandt /
PubMed 要旨Etioplasts are photosynthetically inactive plastids that accumulate when light levels are too low for chloroplast maturation. The etioplast inner membrane consists of a paracrystalline tubular ...Etioplasts are photosynthetically inactive plastids that accumulate when light levels are too low for chloroplast maturation. The etioplast inner membrane consists of a paracrystalline tubular lattice and peripheral, disk-shaped membranes, respectively known as the prolamellar body and prothylakoids. These distinct membrane regions are connected into one continuous compartment. To date, no structures of protein complexes in or at etioplast membranes have been reported. Here, we used electron cryo-tomography to explore the molecular membrane landscape of pea and maize etioplasts. Our tomographic reconstructions show that ATP synthase monomers are enriched in the prothylakoids, and plastid ribosomes in the tubular lattice. The entire tubular lattice is covered by regular helical arrays of a membrane-associated protein, which we identified as the 37-kDa enzyme, light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR). LPOR is the most abundant protein in the etioplast, where it is responsible for chlorophyll biosynthesis, photoprotection and defining the membrane geometry of the prolamellar body. Based on the 9-Å-resolution volume of the subtomogram average, we propose a structural model of membrane-associated LPOR.
リンクNat Plants / PubMed:33875833 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.0 - 29.9 Å
構造データ

EMDB-11958:
Cryo-EM map of the ATP synthase complex from P. sativum
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.9 Å

EMDB-11959:
Cryo-EM map of the chloroplast ribosome from P. sativum
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-11960:
Cryo-EM map of the membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 15 units per turn)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.1 Å

EMDB-11961:
Cryo-EM map of the membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (helical arrays, 16 units per turn)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.2 Å

EMDB-11962:
Cryo-EM map of the membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (subboxed helical arrays, 15 units per turn)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-11963:
Cryo-EM map of the membrane-associated light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase (LPOR) from Z. mays (subboxed helical arrays, 16 units per turn)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

由来
  • Pisum sativum (エンドウ)
  • Zea mays (トウモロコシ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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