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Structure paper

タイトルStructural basis for PRC2 decoding of active histone methylation marks H3K36me2/3.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年11月19日
著者Ksenia Finogenova / Jacques Bonnet / Simon Poepsel / Ingmar B Schäfer / Katja Finkl / Katharina Schmid / Claudia Litz / Mike Strauss / Christian Benda / Jürg Müller /
PubMed 要旨Repression of genes by Polycomb requires that PRC2 modifies their chromatin by trimethylating lysine 27 on histone H3 (H3K27me3). At transcriptionally active genes, di- and tri-methylated H3K36 ...Repression of genes by Polycomb requires that PRC2 modifies their chromatin by trimethylating lysine 27 on histone H3 (H3K27me3). At transcriptionally active genes, di- and tri-methylated H3K36 inhibit PRC2. Here, the cryo-EM structure of PRC2 on dinucleosomes reveals how binding of its catalytic subunit EZH2 to nucleosomal DNA orients the H3 N-terminus via an extended network of interactions to place H3K27 into the active site. Unmodified H3K36 occupies a critical position in the EZH2-DNA interface. Mutation of H3K36 to arginine or alanine inhibits H3K27 methylation by PRC2 on nucleosomes . Accordingly, H3K36A and H3K36R mutants show reduced levels of H3K27me3 and defective Polycomb repression of HOX genes. The relay of interactions between EZH2, the nucleosomal DNA and the H3 N-terminus therefore creates the geometry that permits allosteric inhibition of PRC2 by methylated H3K36 in transcriptionally active chromatin.
リンクElife / PubMed:33211010 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.4 - 5.24 Å
構造データ

11910

7at8

EMDB-11910, PDB-7at8:
Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-11912:
Cryo-EM map of PHF1-PRC2 on a heterodimeric dinucleosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.24 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION / Polycomb / nucleosome / histone methyltransferase / PRC2 / EZH2 / H3K36 / H3 tail / H3 / histone H3 / Polycomb Repressive Complex 2 / cryo-EM / nucleosome recognition / H3K36me2 / H3K36me3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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