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Structure paper

タイトルStructure of the Yersinia injectisome in intracellular host cell phagosomes revealed by cryo FIB electron tomography.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 213, Issue 1, Page 107701, Year 2021
掲載日2021年2月4日
著者Casper Berger / Raimond B G Ravelli / Carmen López-Iglesias / Mikhail Kudryashev / Andreas Diepold / Peter J Peters /
PubMed 要旨Many pathogenic bacteria use the type III secretion system (T3SS), or injectisome, to secrete toxins into host cells. These protruding systems are primary targets for drug and vaccine development. ...Many pathogenic bacteria use the type III secretion system (T3SS), or injectisome, to secrete toxins into host cells. These protruding systems are primary targets for drug and vaccine development. Upon contact between injectisomes and host membranes, toxin secretion is triggered. How this works structurally and functionally is yet unknown. Using cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography, we visualized injectisomes of Yersinia enterocolitica inside the phagosomes of infected human myeloid cells in a close-to-native state. We observed that a minimum needle length is required for injectisomes to contact the host membrane and bending of host membranes by some injectisomes that contact the host. Through subtomogram averaging, the structure of the entire injectisome was determined, which revealed structural differences in the cytosolic sorting platform compared to other bacteria. These findings contribute to understanding how injectisomes secrete toxins into host cells and provides the indispensable native context. The application of these cryo-electron microscopy techniques paves the way for the study of the 3D structure of infection-relevant protein complexes in host-pathogen interactions.
リンクJ Struct Biol / PubMed:33549695
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度33.0 - 40.0 Å
構造データ

EMDB-11905:
In situ subtomogram averaging structure of the type III secretion system of yersinia enterocolitica - sorting platform
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

EMDB-11906:
In situ subtomogram averaging structure of the type III secretion system of yersinia enterocolitica - basal body
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-11907:
In situ subtomogram averaging structure of the type III secretion system of yersinia enterocolitica - needle tip
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.0 Å

由来
  • Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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