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Structure paper

タイトルStructural insights into outer membrane asymmetry maintenance in Gram-negative bacteria by MlaFEDB.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 1, Page 81-91, Year 2021
掲載日2020年11月16日
著者Xiaodi Tang / Shenghai Chang / Wen Qiao / Qinghua Luo / Yuejia Chen / Zhiying Jia / James Coleman / Ke Zhang / Ting Wang / Zhibo Zhang / Changbin Zhang / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Xing Zhang / Haohao Dong /
PubMed 要旨The highly asymmetric outer membrane of Gram-negative bacteria functions in the defense against cytotoxic substances, such as antibiotics. The Mla pathway maintains outer membrane lipid asymmetry by ...The highly asymmetric outer membrane of Gram-negative bacteria functions in the defense against cytotoxic substances, such as antibiotics. The Mla pathway maintains outer membrane lipid asymmetry by transporting phospholipids between the inner and outer membranes. It comprises six Mla proteins, MlaFEDBCA, including the ABC transporter MlaFEDB, which functions via an unknown mechanism. Here we determine cryo-EM structures of Escherichia coli MlaFEDB in an apo state and bound to phospholipid, ADP or AMP-PNP to a resolution of 3.3-4.1 Å and establish a proteoliposome-based transport system that includes MlaFEDB, MlaC and MlaA-OmpF to monitor the transport direction of phospholipids. In vitro transport assays and in vivo membrane permeability assays combined with mutagenesis identify functional residues that not only recognize and transport phospholipids but also regulate the activity and structural stability of the MlaFEDB complex. Our results provide mechanistic insights into the Mla pathway, which could aid antimicrobial drug development.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33199922
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.1 Å
構造データ

11547

6zy2

EMDB-11547, PDB-6zy2:
Cryo-EM structure of apo MlaFEDB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

11548

6zy3

EMDB-11548, PDB-6zy3:
Cryo-EM structure of MlaFEDB in complex with phospholipid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

11549

6zy4

EMDB-11549, PDB-6zy4:
Cryo-EM structure of MlaFEDB in complex with ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

11555

6zy9

EMDB-11555, PDB-6zy9:
Cryo-EM structure of MlaFEDB in complex with AMP-PNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • escherichia coli b185 (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli 909945-2 (大腸菌)
  • escherichia coli 2.3916 (大腸菌)
キーワードLIPID TRANSPORT / phospholipid / phospholipid transport / ABC transporter / MlaFEDB / MlaFE / MlaD / MlaE / MlaF / MlaB / outer membrane / Mla transport pathway

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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