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タイトルA thermostable, closed SARS-CoV-2 spike protein trimer.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 10, Page 934-941, Year 2020
掲載日2020年7月31日
著者Xiaoli Xiong / Kun Qu / Katarzyna A Ciazynska / Myra Hosmillo / Andrew P Carter / Soraya Ebrahimi / Zunlong Ke / Sjors H W Scheres / Laura Bergamaschi / Guinevere L Grice / Ying Zhang / / James A Nathan / Stephen Baker / Leo C James / Helen E Baxendale / Ian Goodfellow / Rainer Doffinger / John A G Briggs /
PubMed 要旨The spike (S) protein of SARS-CoV-2 mediates receptor binding and cell entry and is the dominant target of the immune system. It exhibits substantial conformational flexibility. It transitions from ...The spike (S) protein of SARS-CoV-2 mediates receptor binding and cell entry and is the dominant target of the immune system. It exhibits substantial conformational flexibility. It transitions from closed to open conformations to expose its receptor-binding site and, subsequently, from prefusion to postfusion conformations to mediate fusion of viral and cellular membranes. S-protein derivatives are components of vaccine candidates and diagnostic assays, as well as tools for research into the biology and immunology of SARS-CoV-2. Here we have designed mutations in S that allow the production of thermostable, disulfide-bonded S-protein trimers that are trapped in the closed, prefusion state. Structures of the disulfide-stabilized and non-disulfide-stabilized proteins reveal distinct closed and locked conformations of the S trimer. We demonstrate that the designed, thermostable, closed S trimer can be used in serological assays. This protein has potential applications as a reagent for serology, virology and as an immunogen.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32737467 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.5 Å
構造データ

11329

6zox

EMDB-11329, PDB-6zox:
Structure of Disulphide-stabilized SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (x2 disulphide-bond mutant, G413C, V987C, single Arg S1/S2 cleavage site)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

11330

6zoy

EMDB-11330, PDB-6zoy:
Structure of Disulphide-stabilized SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (x1 disulphide-bond mutant, S383C, D985C, K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

11331

6zoz

EMDB-11331, PDB-6zoz:
Structure of Disulphide-stabilized SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (x1 disulphide-bond mutant, S383C, D985C, K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Locked State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

11332

6zp0

EMDB-11332, PDB-6zp0:
Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

11333

6zp1

EMDB-11333, PDB-6zp1:
Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

11334

6zp2

EMDB-11334, PDB-6zp2:
Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Locked State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-BLA:
BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / coronavirus / SARS-CoV-2 / Spike protein / S protein / S antigen / COVID-19 / receptor binding / membrane fusion / vaccine design

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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