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Structure paper

タイトルStructural and functional analysis of protective antibodies targeting the threefold plateau of enterovirus 71.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 5253, Year 2020
掲載日2020年10月16日
著者Kuan-Ying A Huang / Daming Zhou / Elizabeth E Fry / Abhay Kotecha / Peng-Nien Huang / Shu-Li Yang / Kuo-Chien Tsao / Yhu-Chering Huang / Tzou-Yien Lin / Jingshan Ren / David I Stuart /
PubMed 要旨Enterovirus 71 (EV71)-neutralizing antibodies correlate with protection and have potential as therapeutic agents. We isolate and characterize a panel of plasmablast-derived monoclonal antibodies from ...Enterovirus 71 (EV71)-neutralizing antibodies correlate with protection and have potential as therapeutic agents. We isolate and characterize a panel of plasmablast-derived monoclonal antibodies from an infected child whose antibody response focuses on the plateau epitope near the icosahedral 3-fold axes. Eight of a total of 19 antibodies target this epitope and three of these potently neutralize the virus. Representative neutralizing antibodies 38-1-10A and 38-3-11A both confer effective protection against lethal EV71 challenge in hSCARB2-transgenic mice. The cryo-electron microscopy structures of the EV71 virion in complex with Fab fragments of these potent and protective antibodies reveal the details of a conserved epitope formed by residues in the BC and HI loops of VP2 and the BC and HI loops of VP3 spanning the region around the 3-fold axis. Remarkably, the two antibodies interact with the epitope in quite distinct ways. These plateau-binding antibodies provide templates for promising candidate therapeutics.
リンクNat Commun / PubMed:33067459 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.7 - 2.8 Å
構造データ

11061

6z3p

EMDB-11061, PDB-6z3p:
Structure of EV71 in complex with a protective antibody 38-3-11A Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

11062

6z3q

EMDB-11062, PDB-6z3q:
Structure of EV71 in complex with a protective antibody 38-1-10A Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

PDB-6z3k:
Structure of protective antibody 38-1-10A Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

由来
  • enterovirus a71 (エンテロウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / EV71 / antibody 38-3-11A / antibody 38-1-10A / EV71-Fab complex / VIRUS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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