[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structures and functional properties of CALHM channels of the human placenta.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年5月6日
著者Katarzyna Drożdżyk / Marta Sawicka / Maria-Isabel Bahamonde-Santos / Zaugg Jonas / Dawid Deneka / Christiane Albrecht / Raimund Dutzler /
PubMed 要旨The transport of substances across the placenta is essential for the development of the fetus. Here, we were interested in the role of channels of the calcium homeostasis modulator (CALHM) family in ...The transport of substances across the placenta is essential for the development of the fetus. Here, we were interested in the role of channels of the calcium homeostasis modulator (CALHM) family in the human placenta. By transcript analysis, we found the paralogs CALHM2, 4, and 6 to be highly expressed in this organ and upregulated during trophoblast differentiation. Based on electrophysiology, we observed that activation of these paralogs differs from the voltage- and calcium-gated channel CALHM1. Cryo-EM structures of CALHM4 display decameric and undecameric assemblies with large cylindrical pore, while in CALHM6 a conformational change has converted the pore shape into a conus that narrows at the intracellular side, thus describing distinct functional states of the channel. The pore geometry alters the distribution of lipids, which occupy the cylindrical pore of CALHM4 in a bilayer-like arrangement whereas they have redistributed in the conical pore of CALHM6 with potential functional consequences.
リンクElife / PubMed:32374262 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.82 - 6.23 Å
構造データ

10917

6ytk

EMDB-10917, PDB-6ytk:
Cryo-EM structure of a dimer of decameric human CALHM4 in the absence of Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.07 Å

10919

6ytl

EMDB-10919, PDB-6ytl:
Cryo-EM structure of a dimer of undecameric human CALHM4 in the absence of Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

10920

6yto

EMDB-10920, PDB-6yto:
Cryo-EM structure of a dimer of decameric human CALHM4 in the presence of Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

10921

6ytq

EMDB-10921, PDB-6ytq:
Cryo-EM structure of a dimer of undecameric human CALHM4 in the presence of Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.02 Å

10924

6ytv

EMDB-10924, PDB-6ytv:
Cryo-EM structure of decameric human CALHM6 in the presence of Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.39 Å

10925

6ytx

EMDB-10925, PDB-6ytx:
Cryo-EM structure of undecameric human CALHM6 in the presence of Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.23 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / calcium homeostasis modulator / ion channel / placenta

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る