[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-Electron Tomography Reveals the Complex Ultrastructural Organization of Multicellular Filamentous () Bacteria.
ジャーナル・号・ページFront Microbiol, Vol. 11, Page 1373, Year 2020
掲載日2020年6月26日
著者Vasil A Gaisin / Romain Kooger / Denis S Grouzdev / Vladimir M Gorlenko / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨The cell biology of is poorly studied. We applied cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography to study the ultrastructural organization of thermophilic and , and mesophilic ". ...The cell biology of is poorly studied. We applied cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography to study the ultrastructural organization of thermophilic and , and mesophilic ". Viridilinea mediisalina." These species represent the three main lineages within a group of multicellular filamentous anoxygenic phototrophic bacteria belonging to the order. We found surprising structural complexity in the . As with filamentous cyanobacteria, cells of and ". Viridilinea mediisalina" share the outer membrane-like layers of their intricate multilayer cell envelope. Additionally, cells of and ". Viridilinea mediisalina" are connected by septal channels that resemble cyanobacterial septal junctions. All three strains possess long pili anchored close to cell-to-cell junctions, a morphological feature comparable to that observed in cyanobacteria. The cytoplasm of the bacteria is crowded with intracellular organelles such as different types of storage granules, membrane vesicles, chlorosomes, gas vesicles, chemoreceptor-like arrays, and cytoplasmic filaments. We observed a higher level of complexity in the mesophilic strain compared to the thermophilic strains with regards to the composition of intracellular bodies and the organization of the cell envelope. The ultrastructural details that we describe in these bacteria will motivate further cell biological studies, given that the function and evolution of the many discovered morphological traits remain enigmatic in this diverse and widespread bacterial group.
リンクFront Microbiol / PubMed:32670237 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度29.0 Å
構造データ

EMDB-10804:
Viridilinea mediisalina S-layer average
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-10806:
Chloroflexus aggregans end cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10807:
Two Roseiflexus castenholzii cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10808:
Tomogram of two Viridilinea mediisalina cells
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Candidatus Viridilinea mediisalina (バクテリア)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る