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タイトルGood Vibrations: Structural Remodeling of Maturing Yeast Pre-40S Ribosomal Particles Followed by Cryo-Electron Microscopy.
ジャーナル・号・ページMolecules, Vol. 25, Issue 5, Year 2020
掲載日2020年3月3日
著者Ramtin Shayan / Dana Rinaldi / Natacha Larburu / Laura Plassart / Stéphanie Balor / David Bouyssié / Simon Lebaron / Julien Marcoux / Pierre-Emmanuel Gleizes / Célia Plisson-Chastang /
PubMed 要旨Assembly of eukaryotic ribosomal subunits is a very complex and sequential process that starts in the nucleolus and finishes in the cytoplasm with the formation of functional ribosomes. Over the past ...Assembly of eukaryotic ribosomal subunits is a very complex and sequential process that starts in the nucleolus and finishes in the cytoplasm with the formation of functional ribosomes. Over the past few years, characterization of the many molecular events underlying eukaryotic ribosome biogenesis has been drastically improved by the "resolution revolution" of cryo-electron microscopy (cryo-EM). However, if very early maturation events have been well characterized for both yeast ribosomal subunits, little is known regarding the final maturation steps occurring to the small (40S) ribosomal subunit. To try to bridge this gap, we have used proteomics together with cryo-EM and single particle analysis to characterize yeast pre-40S particles containing the ribosome biogenesis factor Tsr1. Our analyses lead us to refine the timing of the early pre-40S particle maturation steps. Furthermore, we suggest that after an early and structurally stable stage, the beak and platform domains of pre-40S particles enter a "vibrating" or "wriggling" stage, that might be involved in the final maturation of 18S rRNA as well as the fitting of late ribosomal proteins into their mature position.
リンクMolecules / PubMed:32138239 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 9.1 Å
構造データ

10713

6y7c

EMDB-10713, PDB-6y7c:
Early cytoplasmic yeast pre-40S particle (purified with Tsr1 as bait)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-10715:
Yeast Tsr1-FPZ pre-40S particle - consensus structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10716:
head domain of Tsr1-FPZ pre-40S particle: structural class 1 (H1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

EMDB-10717:
head domain of Tsr1-FPZ pre-40S particle: structural class 2 (H2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å

EMDB-10718:
Platform domain of Tsr1-FPZ pre-40S particle: structural class 1 (P1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-10719:
Platform domain of Tsr1-FPZ pre-40S particle: structural class 2 (P2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
キーワードRIBOSOME / yeast pre-ribosomal particle - small ribosomal subunit

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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