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タイトルAsymmetric opening of the homopentameric 5-HT serotonin receptor in lipid bilayers.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 1074, Year 2021
掲載日2021年2月16日
著者Yingyi Zhang / Patricia M Dijkman / Rongfeng Zou / Martina Zandl-Lang / Ricardo M Sanchez / Luise Eckhardt-Strelau / Harald Köfeler / Horst Vogel / Shuguang Yuan / Mikhail Kudryashev /
PubMed 要旨Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) of the Cys-loop receptor family are key players in fast signal transduction throughout the nervous system. They have been shown to be modulated by the ...Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) of the Cys-loop receptor family are key players in fast signal transduction throughout the nervous system. They have been shown to be modulated by the lipid environment, however the underlying mechanism is not well understood. We report three structures of the Cys-loop 5-HT serotonin receptor (5HTR) reconstituted into saposin-based lipid bilayer discs: a symmetric and an asymmetric apo state, and an asymmetric agonist-bound state. In comparison to previously published 5HTR conformations in detergent, the lipid bilayer stabilises the receptor in a more tightly packed, 'coupled' state, involving a cluster of highly conserved residues. In consequence, the agonist-bound receptor conformation adopts a wide-open pore capable of conducting sodium ions in unbiased molecular dynamics (MD) simulations. Taken together, we provide a structural basis for the modulation of 5HTR by the membrane environment, and a model for asymmetric activation of the receptor.
リンクNat Commun / PubMed:33594077 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.2 Å
構造データ

10691

6y59

EMDB-10691, PDB-6y59:
5-HT3A receptor in Salipro (apo, C5 symmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

10692

6y5a

EMDB-10692, PDB-6y5a:
Serotonin-bound 5-HT3A receptor in Salipro
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

10693

6y5b

EMDB-10693, PDB-6y5b:
5-HT3A receptor in Salipro (apo, asymmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-SRO:
SEROTONIN / 神経伝達物質*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel / pLGIC / serotonin 5-HT3A receptor / 5-HT3AR / Salipro / serotonin / agonist-bound / asymmetric

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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