[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM of multiple cage architectures reveals a universal mode of clathrin self-assembly.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 10, Page 890-898, Year 2019
掲載日2019年10月3日
著者Kyle L Morris / Joseph R Jones / Mary Halebian / Shenping Wu / Michael Baker / Jean-Paul Armache / Amaurys Avila Ibarra / Richard B Sessions / Alexander D Cameron / Yifan Cheng / Corinne J Smith /
PubMed 要旨Clathrin forms diverse lattice and cage structures that change size and shape rapidly in response to the needs of eukaryotic cells during clathrin-mediated endocytosis and intracellular trafficking. ...Clathrin forms diverse lattice and cage structures that change size and shape rapidly in response to the needs of eukaryotic cells during clathrin-mediated endocytosis and intracellular trafficking. We present the cryo-EM structure and molecular model of assembled porcine clathrin, providing insights into interactions that stabilize key elements of the clathrin lattice, namely, between adjacent heavy chains, at the light chain-heavy chain interface and within the trimerization domain. Furthermore, we report cryo-EM maps for five different clathrin cage architectures. Fitting structural models to three of these maps shows that their assembly requires only a limited range of triskelion leg conformations, yet inherent flexibility is required to maintain contacts. Analysis of the protein-protein interfaces shows remarkable conservation of contact sites despite architectural variation. These data reveal a universal mode of clathrin assembly that allows variable cage architecture and adaptation of coated vesicle size and shape during clathrin-mediated vesicular trafficking or endocytosis.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31582853 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.69 - 23.68 Å
構造データ

EMDB-0114:
Cryo-EM structure of the 28 triskelia mini clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.07 Å

EMDB-0115:
Cryo-EM structure of the 32 triskelia sweet potato clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.68 Å

EMDB-0116:
Cryo-EM structure of the 36 triskelia D6 barrel clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.18 Å

EMDB-0118:
Cryo-EM structure of the 36 triskelia tennis ball clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.75 Å

EMDB-0120:
Cryo-EM structure of the 37 triskelia big apple clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.68 Å

EMDB-0121:
Cryo-EM structure of the hub of the 28 triskelia mini clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.08 Å

EMDB-0122:
Cryo-EM structure of the hub of the 32 triskelia sweet potato clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.79 Å

EMDB-0123:
Cryo-EM structure of the hub of the 36 triskelia D6 barrel clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.66 Å

EMDB-0124:
Cryo-EM structure of the hub of the 36 triskelia tennis ball clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.93 Å

EMDB-0125:
Cryo-EM structure of the hub of the 37 triskelia big apple clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.53 Å

0126

6sct

EMDB-0126: Cryo-EM structure of the consensus hub of the clathrin coat complex
PDB-6sct: Cryo-EM structure of the consensus triskelion hub of the clathrin coat complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.69 Å

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • Pig (ブタ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / clathrin / coat protein / endocytosis / trafficking

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る