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タイトルArchitecture of the CBF3-centromere complex of the budding yeast kinetochore.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 25, Issue 12, Page 1103-1110, Year 2018
掲載日2018年11月26日
著者Kaige Yan / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
PubMed 要旨Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into ...Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into three centromeric determining elements (CDEs), and are associated with the centromere-specific nucleosome Cse4. Deposition of Cse4 at CEN loci is dependent on the CBF3 complex that engages CDEIII to direct Cse4 nucleosomes to CDEII. To understand how CBF3 recognizes CDEIII and positions Cse4, we determined a cryo-EM structure of a CBF3-CEN complex. CBF3 interacts with CEN DNA as a head-to-head dimer that includes the whole of CDEIII and immediate 3' regions. Specific CEN-binding of CBF3 is mediated by a Cep3 subunit of one of the CBF3 protomers that forms major groove interactions with the conserved and essential CCG and TGT motifs of CDEIII. We propose a model for a CBF3-Cse4-CEN complex with implications for understanding CBF3-directed deposition of the Cse4 nucleosome at CEN loci.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:30478265 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 8.5 Å
構造データ

0095

6gyp

EMDB-0095, PDB-6gyp:
Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

0096

6gys

EMDB-0096, PDB-6gys:
Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

0097

6gyu

EMDB-0097, PDB-6gyu:
Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-11626:
Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex (Cenp-HIKTW)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

化合物

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン / メチオニン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン

ChemComp-ASN:
ASPARAGINE / アスパラギン / アスパラギン

ChemComp-ARG:
ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン

ChemComp-THR:
THREONINE / トレオニン / トレオニン

ChemComp-GLN:
GLUTAMINE / グルタミン / グルタミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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