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タイトルStructures of Bacterial RNA Polymerase Complexes Reveal the Mechanism of DNA Loading and Transcription Initiation.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 70, Issue 6, Page 1111-11120.e3, Year 2018
掲載日2018年6月21日
著者Robert Glyde / Fuzhou Ye / Milija Jovanovic / Ioly Kotta-Loizou / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
PubMed 要旨Gene transcription is carried out by multi-subunit RNA polymerases (RNAPs). Transcription initiation is a dynamic multi-step process that involves the opening of the double-stranded DNA to form a ...Gene transcription is carried out by multi-subunit RNA polymerases (RNAPs). Transcription initiation is a dynamic multi-step process that involves the opening of the double-stranded DNA to form a transcription bubble and delivery of the template strand deep into the RNAP for RNA synthesis. Applying cryoelectron microscopy to a unique transcription system using σ (σ), the major bacterial variant sigma factor, we capture a new intermediate state at 4.1 Å where promoter DNA is caught at the entrance of the RNAP cleft. Combining with new structures of the open promoter complex and an initial de novo transcribing complex at 3.4 and 3.7 Å, respectively, our studies reveal the dynamics of DNA loading and mechanism of transcription bubble stabilization that involves coordinated, large-scale conformational changes of the universally conserved features within RNAP and DNA. In addition, our studies reveal a novel mechanism of strand separation by σ.
リンクMol Cell / PubMed:29932903 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.1 Å
構造データ

0001

6gh5

EMDB-0001, PDB-6gh5:
Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme transcription open complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

0002

6gh6

EMDB-0002, PDB-6gh6:
Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme intermediate partially loaded complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

4397

6gfw

EMDB-4397, PDB-6gfw:
Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 holoenzyme initial transcribing complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION / transcription initiation / DNA opening / transcription bubble / de novo RNA synthesis / open complex / DNA loading / sigma factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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