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タイトルStructure-guided optimization of novel CDK2 inhibitors discovered by high-throughput screening
ジャーナル・号・ページTo be Published
掲載日2011年2月2日 (構造データの登録日)
著者Schonbrunn, E. / Becker, A. / Betzi, S. / Alam, R. / Han, H. / Rawle, F. / Katta, V. / Jakkaraj, J. / Chakrasali, R. / Neelam, S. ...Schonbrunn, E. / Becker, A. / Betzi, S. / Alam, R. / Han, H. / Rawle, F. / Katta, V. / Jakkaraj, J. / Chakrasali, R. / Neelam, S. / Hook, D. / Tash, J. / Georg, G.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.6 - 2 Å
構造データ

PDB-3ql8:
CDK2 in complex with inhibitor JWS-6-260
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3qqf:
CDK2 in complex with inhibitor L1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3qqg:
CDK2 in complex with inhibitor L2-5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3qqh:
CDK2 in complex with inhibitor L2-2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-3qqj:
CDK2 in complex with inhibitor L2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-3qql:
CDK2 in complex with inhibitor L3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-3qrt:
CDK2 in complex with inhibitor NSK-MC2-55
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3qru:
CDK2 in complex with inhibitor NSK-MC1-12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3qwj:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-142
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3qwk:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-150
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-3qx2:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-190
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3qx4:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-78
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-3qxo:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-84
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3qzf:
CDK2 in complex with inhibitor JWS-6-52
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-3qzg:
CDK2 in complex with inhibitor JWS-6-76
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3qzh:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-124
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3qzi:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-126
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3r1q:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-102
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-3r1s:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-127
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-3r1y:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-134
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-3r28:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-140
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3r6x:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-158
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3r71:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-162
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3r73:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-164
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-3r7e:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-67
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3r7i:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-74
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-3r7u:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-75
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3r7v:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-9
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3r7y:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-2-88
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3r83:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-2-92
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3r8l:
CDK2 in complex with inhibitor L3-4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3r8m:
CDK2 in complex with inhibitor L3-3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-3r8p:
CDK2 in complex with inhibitor NSK-MC1-6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-3rai:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-3rm6:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-2-80
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-3rm7:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-91
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-3roy:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-154
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3rpo:
CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-156
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-X01:
3-(4-amino-1,3,5-triazin-2-yl)-4-hydroxybenzonitrile

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-X07:
5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X06:
4-chloro-2-(4,6-diamino-1,3,5-triazin-2-yl)phenol

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-X0A:
2-[4-amino-6-(phenylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]-4-chlorophenol

ChemComp-X11:
2-(4,6-diamino-1,3,5-triazin-2-yl)phenol / 2-(2-ヒドロキシフェニル)-1,3,5-トリアジン-4,6-ジアミン

ChemComp-X03:
(5R)-5-(2-methylbutan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazole-3-carbohydrazide

ChemComp-X14:
(5R)-5-(2-methylbutan-2-yl)-N-(4-sulfamoylbenzyl)-4,5,6,7-tetrahydro-2H-indazole-3-carboxamide

ChemComp-X19:
(5S)-N-methyl-5-(2-methylbutan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydro-2H-indazole-3-carboxamide

ChemComp-X6A:
2-{[(2-aminopyrimidin-5-yl)methyl]amino}-4-chloro-5-nitrobenzamide

ChemComp-X62:
4-chloro-2-{[(2-chloropyrimidin-5-yl)methyl]amino}-5-nitrobenzamide

ChemComp-X63:
2-{[(2-aminopyrimidin-5-yl)methyl]amino}-4-[(2-hydroxyethyl)amino]-5-nitrobenzamide

ChemComp-X4B:
4-chloro-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X65:
5-nitro-2-[(4-sulfamoylbenzyl)amino]benzamide

ChemComp-X66:
2-(4,6-diamino-1,3,5-triazin-2-yl)benzene-1,4-diol

ChemComp-X67:
2-(4,6-diamino-1,3,5-triazin-2-yl)-4-fluorophenol

ChemComp-X69:
4-methoxy-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X72:
4-chloro-5-nitro-2-[(pyrimidin-5-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X75:
4-chloro-2-{[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]amino}-5-nitrobenzamide

ChemComp-X73:
2-{[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]amino}-5-nitrobenzamide

ChemComp-X76:
2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-XA0:
4-chloro-5-nitro-2-[(3,4,5-trifluorobenzyl)amino]benzamide

ChemComp-X84:
4-[(3-hydroxypropyl)amino]-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X86:
4-[(3-methoxypropyl)amino]-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X87:
4-[(3-aminopropyl)amino]-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X88:
5-nitro-2-[(pyrazin-2-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-X9I:
4-{[(2-carbamoyl-4-nitrophenyl)amino]methyl}benzoic acid

ChemComp-X96:
2-{[4-(aminomethyl)benzyl]amino}-5-nitrobenzamide

ChemComp-Z02:
5-nitro-2-[(pyridin-2-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-Z04:
2-{[(2-aminopyrimidin-5-yl)methyl]amino}-4-(morpholin-4-yl)-5-nitrobenzamide

ChemComp-Z14:
4-(4-aminopiperidin-1-yl)-2-{[(2-aminopyrimidin-5-yl)methyl]amino}-5-nitrobenzamide

ChemComp-Z30:
(5R)-5-tert-butyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazole-3-carbohydrazide

ChemComp-Z19:
1H-indazole-3-carbohydrazide / 1H-インダゾ-ル-3-カルボヒドラジド

ChemComp-Z46:
(5R)-5-propyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazole-3-carbohydrazide

ChemComp-X85:
4-{[3-(morpholin-4-yl)propyl]amino}-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-18Z:
2-{[(2-aminopyrimidin-5-yl)methyl]amino}-5-nitro-4-{[2-(piperazin-1-yl)ethyl]amino}benzamide

ChemComp-19Z:
2-[(4-hydroxybenzyl)amino]-5-nitrobenzamide

ChemComp-22Z:
4-(hexylamino)-5-nitro-2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzamide

ChemComp-24Z:
4-({4-carbamoyl-2-nitro-5-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]phenyl}amino)butanoic acid

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase (プロテインキナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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