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Structure paper

タイトルBasic helix-loop-helix pioneer factors interact with the histone octamer to invade nucleosomes and generate nucleosome-depleted regions.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 8, Page 1251-11263.e6, Year 2023
掲載日2023年4月20日
著者Benjamin T Donovan / Hengye Chen / Priit Eek / Zhiyuan Meng / Caroline Jipa / Song Tan / Lu Bai / Michael G Poirier /
PubMed 要旨Nucleosomes drastically limit transcription factor (TF) occupancy, while pioneer transcription factors (PFs) somehow circumvent this nucleosome barrier. In this study, we compare nucleosome binding ...Nucleosomes drastically limit transcription factor (TF) occupancy, while pioneer transcription factors (PFs) somehow circumvent this nucleosome barrier. In this study, we compare nucleosome binding of two conserved S. cerevisiae basic helix-loop-helix (bHLH) TFs, Cbf1 and Pho4. A cryo-EM structure of Cbf1 in complex with the nucleosome reveals that the Cbf1 HLH region can electrostatically interact with exposed histone residues within a partially unwrapped nucleosome. Single-molecule fluorescence studies show that the Cbf1 HLH region facilitates efficient nucleosome invasion by slowing its dissociation rate relative to DNA through interactions with histones, whereas the Pho4 HLH region does not. In vivo studies show that this enhanced binding provided by the Cbf1 HLH region enables nucleosome invasion and ensuing repositioning. These structural, single-molecule, and in vivo studies reveal the mechanistic basis of dissociation rate compensation by PFs and how this translates to facilitating chromatin opening inside cells.
リンクMol Cell / PubMed:36996811 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

25406

7ssa

EMDB-25406, PDB-7ssa:
Cryo-EM structure of pioneer factor Cbf1 bound to the nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Transcription factor (転写因子) / basic helix-loop-helix (塩基性ヘリックスループヘリックス) / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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