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タイトルStructural basis for activation of Arf1 at the Golgi complex.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 40, Issue 9, Page 111282, Year 2022
掲載日2022年8月30日
著者Arnold J Muccini / Margaret A Gustafson / J Christopher Fromme /
PubMed 要旨The Golgi complex is the central sorting station of the eukaryotic secretory pathway. Traffic through the Golgi requires activation of Arf guanosine triphosphatases that orchestrate cargo sorting and ...The Golgi complex is the central sorting station of the eukaryotic secretory pathway. Traffic through the Golgi requires activation of Arf guanosine triphosphatases that orchestrate cargo sorting and vesicle formation by recruiting an array of effector proteins. Arf activation and Golgi membrane association is controlled by large guanine nucleotide exchange factors (GEFs) possessing multiple conserved regulatory domains. Here we present cryoelectron microscopy (cryoEM) structures of full-length Gea2, the yeast paralog of the human Arf-GEF GBF1, that reveal the organization of these regulatory domains and explain how Gea2 binds to the Golgi membrane surface. We find that the GEF domain adopts two different conformations compatible with different stages of the Arf activation reaction. The structure of a Gea2-Arf1 activation intermediate suggests that the movement of the GEF domain primes Arf1 for membrane insertion upon guanosine triphosphate binding. We propose that conformational switching of Gea2 during the nucleotide exchange reaction promotes membrane insertion of Arf1.
リンクCell Rep / PubMed:36044848 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.7 Å
構造データ

EMDB-26716, PDB-7uro:
Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26717, PDB-7urr:
Gea2 closed/open conformation (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-26749: Consensus map of Gea2-Arf1 activation intermediate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26750: Focused map of DCB-HUS domains of the Gea2-Arf1 activation intermediate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-26751: Focused map of GEF domain-Arf1 in the Gea2-Arf1 activation intermediate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26752: Focused map of HDS1,2,3 domains in the Gea2-Arf1 activation intermediate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-26753: Focused map of the dimer interface of the Gea2-Arf1 activation intermediate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26754, PDB-7ut4:
Gea2 closed/closed conformation (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26755: Consensus map of Gea2 in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26765: Focused map of the N-terminal region of Gea2 in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-26766: Focused map of the GEF domain of Gea2 in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26769: Focused map of the C-terminal region of Gea2 in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-26770, PDB-7uth:
Gea2 open/open conformation (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26771: Consensus map of Gea2 in open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26773: Focused map of the N-terminal region of Gea2 in the open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26774: Focused map of the GEF domain of Gea2 in the open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26775: Focused map of the C-terminal region of Gea2 in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26776: Focused map of the dimer interface of Gea2 in the open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-26777: Focused map of the dimer interface of Gea2 in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26778: Focused map of the dimer interface of Gea2 in closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26779: Focused map of the closed state N-terminal region of Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26780: Focused map of the closed state GEF domain of Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26781: Focused map of the closed C-terminal region of Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26783: Focused map of the open state N-terminal region of Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26784: Focused map of the open state GEF domain of Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26785: Focused map of the open state C-terminal region Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26797: Consensus map of Gea2 closed/open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GEF

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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