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タイトルA combination of cross-neutralizing antibodies synergizes to prevent SARS-CoV-2 and SARS-CoV pseudovirus infection.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 29, Issue 5, Page 806-818.e6, Year 2021
掲載日2021年5月12日
著者Hejun Liu / Meng Yuan / Deli Huang / Sandhya Bangaru / Fangzhu Zhao / Chang-Chun D Lee / Linghang Peng / Shawn Barman / Xueyong Zhu / David Nemazee / Dennis R Burton / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Hans-Christian Kornau / S Momsen Reincke / Harald Prüss / Jakob Kreye / Nicholas C Wu / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
PubMed 要旨Coronaviruses have caused several human epidemics and pandemics including the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19). Prophylactic vaccines and therapeutic antibodies have already shown striking ...Coronaviruses have caused several human epidemics and pandemics including the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19). Prophylactic vaccines and therapeutic antibodies have already shown striking effectiveness against COVID-19. Nevertheless, concerns remain about antigenic drift in SARS-CoV-2 as well as threats from other sarbecoviruses. Cross-neutralizing antibodies to SARS-related viruses provide opportunities to address such concerns. Here, we report on crystal structures of a cross-neutralizing antibody, CV38-142, in complex with the receptor-binding domains from SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Recognition of the N343 glycosylation site and water-mediated interactions facilitate cross-reactivity of CV38-142 to SARS-related viruses, allowing the antibody to accommodate antigenic variation in these viruses. CV38-142 synergizes with other cross-neutralizing antibodies, notably COVA1-16, to enhance neutralization of SARS-CoV and SARS-CoV-2, including circulating variants of concern B.1.1.7 and B.1.351. Overall, this study provides valuable information for vaccine and therapeutic design to address current and future antigenic drift in SARS-CoV-2 and to protect against zoonotic SARS-related coronaviruses.
リンクCell Host Microbe / PubMed:33894127 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.53 - 31.0 Å
構造データ

EMDB-23469:
SARS-CoV spike complexed with Fab CV38-142 (3 Fabs bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.8 Å

EMDB-23470:
SARS-CoV spike complexed with Fab CV38-142 (2 Fabs bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.3 Å

EMDB-23471:
SARS-CoV-2 spike complexed with Fab CV38-142 (3 Fabs bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.8 Å

EMDB-23472:
SARS-CoV-2 spike complexed with Fab CV38-142 (2 Fabs bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 31.0 Å

PDB-7lm8:
Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with two cross-neutralizing antibodies CV38-142 and COVA1-16 Fabs isolated from COVID-19 patients
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.936 Å

PDB-7lm9:
Crystal structure of SARS-CoV spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing antibody CV38-142 Fab isolated from COVID-19 patient
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSコロナウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • sars coronavirus ma15 (SARSコロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / SARS-CoV (SARSコロナウイルス) / Antibody (抗体) / Spike / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / SARS (重症急性呼吸器症候群) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / Cross-Neutralization / Synergy (相乗効果) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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