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Structure paper

タイトルExtensive ribosome and RF2 rearrangements during translation termination.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年9月12日
著者Egor Svidritskiy / Gabriel Demo / Anna B Loveland / Chen Xu / Andrei A Korostelev /
PubMed 要旨Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ...Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ribosome recycling. To visualize termination by RF2, we resolved a cryo-EM ensemble of 70S•RF2 structures at up to 3.3 Å in a single sample. Five structures suggest a highly dynamic termination pathway. Upon peptidyl-tRNA hydrolysis, the CCA end of deacyl-tRNA departs from the peptidyl transferase center. The catalytic GGQ loop of RF2 is rearranged into a long β-hairpin that plugs the peptide tunnel, biasing a nascent protein toward the ribosome exit. Ribosomal intersubunit rotation destabilizes the catalytic RF2 domain on the 50S subunit and disassembles the central intersubunit bridge B2a, resulting in RF2 departure. Our structures visualize how local rearrangements and spontaneous inter-subunit rotation poise the newly-made protein and RF2 to dissociate in preparation for ribosome recycling.
リンクElife / PubMed:31513010 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.2 Å
構造データ

20048

6ofx

EMDB-20048, PDB-6ofx:
Non-rotated ribosome (Structure I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

20052

6og7

EMDB-20052, PDB-6og7:
70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Non-rotated ribosome with RF2 bound (Structure II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

20056

6ogf

EMDB-20056, PDB-6ogf:
70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Partially rotated ribosome with RF2 bound (Structure III).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

20057

6ogg

EMDB-20057, PDB-6ogg:
70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Rotated ribosome with RF2 bound (Structure IV).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

20058

6ogi

EMDB-20058, PDB-6ogi:
70S termination complex with RF2 bound to the UAG codon. Rotated ribosome conformation (Structure V)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

由来
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Ribosome recycling / translation termination / RF2 / intersubunit rotation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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