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タイトルCryo-EM Structures of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in Its Oligomeric Assemblies.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 431, Issue 22, Page 4523-4526, Year 2019
掲載日2019年11月8日
著者Paolo Swuec / Antonio Chaves-Sanjuan / Carlo Camilloni / Maria Antonietta Vanoni / Martino Bolognesi /
PubMed 要旨Bacterial NADPH-dependent glutamate synthase (GltS) is a complex iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the reductive synthesis of two L-Glu molecules from L-Gln and 2-oxo-glutarate. GltS functional ...Bacterial NADPH-dependent glutamate synthase (GltS) is a complex iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the reductive synthesis of two L-Glu molecules from L-Gln and 2-oxo-glutarate. GltS functional unit hosts an α-subunit (αGltS) and a β-subunit (βGltS) that assemble in different αβ oligomers in solution. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of Azospirillum brasilense GltS in four different oligomeric states (αβ, αβ, αβ and αβ, in the 3.5- to 4.1-Å resolution range). Our study provides a comprehensive GltS model that details the inter-protomeric assemblies and allows unequivocal location of the FAD cofactor and of two electron transfer [4Fe-4S] clusters within βGltS.
リンクJ Mol Biol / PubMed:31473159
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.1 Å
構造データ

EMDB-10104, PDB-6s6s:
Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b4 oligomeric state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-10105, PDB-6s6t:
Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a4b3 oligomeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-10106, PDB-6s6u:
Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a6b4 oligomeric state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-10108, PDB-6s6x:
Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a6b6 oligomeric state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

由来
  • azospirillum brasilense (バクテリア)
キーワードAzospirillum brasilense / Catalysis (助触媒) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Electron Transport (電子伝達系) / Flavin Mononucleotide (フラビンモノヌクレオチド) / Flavin-Adenine Dinucleotide (フラビンアデニンジヌクレオチド) / Glutamate Synthase / Iron-Sulfur Proteins (鉄硫黄タンパク質) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / glutamate synthesys / complex / oligomeric assemblies

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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