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Structure paper

タイトルStructural basis for transcription antitermination at bacterial intrinsic terminator.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3048, Year 2019
掲載日2019年7月11日
著者Linlin You / Jing Shi / Liqiang Shen / Lingting Li / Chengli Fang / Chengzhi Yu / Wenbo Cheng / Yu Feng / Yu Zhang /
PubMed 要旨Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein- ...Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein-mediated transcription regulation-in particular transcription antitermination-is largely unknown. Here we report the 3.4 Å and 4.0 Å cryo-EM structures of two bacterial transcription elongation complexes (P7-NusA-TEC and P7-TEC) comprising the bacteriophage protein P7, a master host-transcription regulator encoded by bacteriophage Xp10 of the rice pathogen Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (Xoo) and discuss the mechanisms by which P7 modulates the host bacterial RNAP. The structures together with biochemical evidence demonstrate that P7 prevents transcription termination by plugging up the RNAP RNA-exit channel and impeding RNA-hairpin formation at the intrinsic terminator. Moreover, P7 inhibits transcription initiation by restraining RNAP-clamp motions. Our study reveals the structural basis for transcription antitermination by phage proteins and provides insights into bacterial transcription regulation.
リンクNat Commun / PubMed:31296855 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.41 - 3.95 Å
構造データ

9785

6j9e

EMDB-9785, PDB-6j9e:
Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with NusA and the bacteriophage protein P7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

9786

6j9f

EMDB-9786, PDB-6j9f:
Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae (strain pxo99a) (バクテリア)
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae pxo99a (バクテリア)
  • xanthomonas virus xp10 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • Xanthomonas oryzae (バクテリア)
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae maff 311018 (バクテリア)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / transcription termination / anti-termination / RNAP clamp / phage (ファージ) / transcription initiation (転写 (生物学)) / P7 / NusA / Xanthomonos oryzae / Xp10

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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