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Structure paper

タイトルArchitectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年2月13日
著者Xue Yuan Pei / Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Shaoxia Chen / Udo Bläsi / Ben F Luisi /
PubMed 要旨In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation ...In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation of target transcripts by forming a regulatory complex with the catabolite repression protein Crc. This repressive complex acts as part of an intricate mechanism of preferred nutrient utilisation. We describe high-resolution cryo-EM structures of the assembly of Hfq and Crc bound to the translation initiation site of a target mRNA. The core of the assembly is formed through interactions of two cognate RNAs, two Hfq hexamers and a Crc pair. Additional Crc protomers are recruited to the core to generate higher-order assemblies with demonstrated regulatory activity in vivo. This study reveals how Hfq cooperates with a partner protein to regulate translation, and provides a structural basis for an RNA code that guides global regulators to interact cooperatively and regulate different RNA targets.
リンクElife / PubMed:30758287 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 3.37 Å
構造データ

0590

6o1k

EMDB-0590: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression Hfq-Crc-amiE 2:2:2 complex (core complex)
PDB-6o1k: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression. Hfq-Crc-amiE 2:2:2 complex (core complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

0591

6o1l

EMDB-0591, PDB-6o1l:
Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression Hfq-Crc-amiE 2:3:2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

0592

6o1m

EMDB-0592: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression Hfq-Crc-amiE 2:4:2 complex
PDB-6o1m: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression. Hfq-Crc-amiE 2:4:2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

由来
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / dsm 22644 / cip 104116 / jcm 14847 / lmg 12228 / 1c / prs 101 / pao1) (緑膿菌)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/Hydrolase / Hfq / Crc / amiE / Carbon catabolite repression / RNA-protein interaction / RNA-mediated gene regulation / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-Hydrolase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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