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タイトルPicomolar zinc binding modulates formation of Bcl10-nucleating assemblies of the caspase recruitment domain (CARD) of CARD9.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 293, Issue 43, Page 16803-16817, Year 2018
掲載日2018年10月26日
著者Michael J Holliday / Ryan Ferrao / Gladys de Leon Boenig / Alberto Estevez / Elizabeth Helgason / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother /
PubMed 要旨The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse ...The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse pathogens. This signaling pathway requires a critical caspase recruitment domain (CARD)-CARD interaction between CARD9 and Bcl10 that promotes downstream activation of factors, including NF-κB and the mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38. Despite these insights, CARD9 remains structurally uncharacterized, and little mechanistic understanding of its regulation exists. We unexpectedly found here that the CARD in CARD9 binds to Zn with picomolar affinity-a concentration comparable with the levels of readily accessible Zn in the cytosol. NMR solution structures of the CARD9-CARD in the apo and Zn-bound states revealed that Zn has little effect on the ground-state structure of the CARD; yet the stability of the domain increased considerably upon Zn binding, with a concomitant reduction in conformational flexibility. Moreover, Zn binding inhibited polymerization of the CARD9-CARD into helical assemblies. Here, we also present a 20-Å resolution negative-stain EM (NS-EM) structure of these filamentous assemblies and show that they adopt a similar helical symmetry as reported previously for filaments of the Bcl10 CARD. Using both bulk assays and direct NS-EM visualization, we further show that the CARD9-CARD assemblies can directly template and thereby nucleate Bcl10 polymerization, a capacity considered critical to propagation of the CARD9-Bcl10 signaling cascade. Our findings indicate that CARD9 is a potential target of Zn-mediated signaling that affects Bcl10 polymerization in innate immune responses.
リンクJ Biol Chem / PubMed:30206119 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / NMR (溶液) / X線回折
解像度1.36 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-8976:
CARD9 CARD helical filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.0 Å

PDB-6e25:
NMR solution structure of the CARD9 CARD bound to zinc
手法: SOLUTION NMR

PDB-6e26:
NMR solution structure of the CARD9 CARD
手法: SOLUTION NMR

PDB-6e27:
The CARD9 CARD domain-swapped dimer with a zinc ion bound to one of the two zinc binding sites
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.811 Å

PDB-6e28:
The CARD9 CARD domain-swapped dimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / CARD / innate immunity (自然免疫系)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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