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タイトルFive of Five VHHs Neutralizing Poliovirus Bind the Receptor-Binding Site.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 90, Issue 7, Page 3496-3505, Year 2016
掲載日2016年1月13日
著者Mike Strauss / Lise Schotte / Bert Thys / David J Filman / James M Hogle /
PubMed 要旨Nanobodies, or VHHs, that recognize poliovirus type 1 have previously been selected and characterized as candidates for antiviral agents or reagents for standardization of vaccine quality control. In ...Nanobodies, or VHHs, that recognize poliovirus type 1 have previously been selected and characterized as candidates for antiviral agents or reagents for standardization of vaccine quality control. In this study, we present high-resolution cryo-electron microscopy reconstructions of poliovirus with five neutralizing VHHs. All VHHs bind the capsid in the canyon at sites that extensively overlap the poliovirus receptor-binding site. In contrast, the interaction involves a unique (and surprisingly extensive) surface for each of the five VHHs. Five regions of the capsid were found to participate in binding with all five VHHs. Four of these five regions are known to alter during the expansion of the capsid associated with viral entry. Interestingly, binding of one of the VHHs, PVSS21E, resulted in significant changes of the capsid structure and thus seems to trap the virus in an early stage of expansion.
IMPORTANCE: We describe the cryo-electron microscopy structures of complexes of five neutralizing VHHs with the Mahoney strain of type 1 poliovirus at resolutions ranging from 3.8 to 6.3Å. All five VHHs bind deep in the virus canyon at similar sites that overlap extensively with the binding site for the receptor (CD155). The binding surfaces on the VHHs are surprisingly extensive, but despite the use of similar binding surfaces on the virus, the binding surface on the VHHs is unique for each VHH. In four of the five complexes, the virus remains essentially unchanged, but for the fifth there are significant changes reminiscent of but smaller in magnitude than the changes associated with cell entry, suggesting that this VHH traps the virus in a previously undescribed early intermediate state. The neutralizing mechanisms of the VHHs and their potential use as quality control agents for the end game of poliovirus eradication are discussed.
リンクJ Virol / PubMed:26764003 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 6.5 Å
構造データ

6433

3jbe

EMDB-6433: VHH complexes with poliovirus: cryo-electron microscopy studies at near-atomic resolution
PDB-3jbe: Complex of poliovirus with VHH PVSS8A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

6434

3jbf

EMDB-6434: VHH complexes with poliovirus: cryo-electron microscopy studies at near-atomic resolution
PDB-3jbf: Complex of poliovirus with VHH PVSP19B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

6435

3jbg

EMDB-6435: VHH complexes with poliovirus: cryo-electron microscopy studies at near-atomic resolution
PDB-3jbg: Complex of poliovirus with VHH PVSS21E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

PDB-3jbc:
Complex of Poliovirus with VHH PVSP29F
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 6.5 Å

PDB-3jbd:
Complex of poliovirus with VHH PVSP6A
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 4.8 Å

化合物

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

由来
  • camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
  • human poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / VHH / nanobody (ナノボディ) / poliovirus (ポリオウイルス) / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / nanobodies (ナノボディ) / neutralizing antibodies (中和抗体)

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万見文献について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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