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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of a conjugative type 4 secretion system identifies a molecular switch regulating conjugative pilus biogenesis
ジャーナル・号・ページTo Be Published, Year 2024
掲載日2024年1月25日 (構造データの登録日)
著者Mace K / Waksman G
リンクTo Be Published / PubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 6.22 Å
構造データ

19478

8rt4

EMDB-19478: O-Layer C14 at 2.46A - Local refinement with C14 symmetry of the O-layer of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rt4: O-layer structure (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9CTD, TrwE/VirB10CTD) of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

19479

8rt5

EMDB-19479: I-Layer C16 at 2.69A - Local refinement with C16 symmetry of the I-layer of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rt5: I-layer structure (TrwF/VirB9CTD, TrwE/VirB10CTD) of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

19480

8rt6

EMDB-19480: Conformation-A OMCC at 3.18A - Refinement without symmetry of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rt6: Conformation-A of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

19481

8rt7

EMDB-19481, PDB-8rt7:
Conformation-B of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

19482

8rt8

EMDB-19482: Conformation-C OMCC at 3.05A - Refinement without symmetry of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rt8: Conformation-C of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

19483

8rt9

EMDB-19483: Stalk C5 at 2.97A - Local refinement with C5 symmetry of the Stalk complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rt9: Stalk complex full-length structure (TrwJ/VirB5-TrwI/VirB6) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

19484

8rta

EMDB-19484: Arches-protomer at 6.22A - Refinement without symmetry of the Arches-protomer complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rta: Arches-protomer complex full-length structure (TrwJ/VirB8) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.22 Å

19485

8rtb

EMDB-19485: Extended inner membrne complex (IMC) protomer at 3.83A - Refinement without symmetry of the extended IMC-protomer complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
PDB-8rtb: Extended inner membrane complex (IMC) protomer structure (TrwM/VirB3-TrwK/VirB4-TrwI/VirB6-TrwG/VirB8-TrwE/VirB10) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.83 Å

19488

8rtd

EMDB-19488: Stalk-Arches-IMC at 4.33A - Refinement without symmetry of the Stalk-Arches-IMC from the fully-assembled R388 type IV secretion.
PDB-8rtd: Stalk-Arches-IMC structure from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.33 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS O-layer core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS I-layer core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 TrwE TrwF / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS OMCC Conformation-A core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS OMCC Conformation-B core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS OMCC Conformation-C core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Stalk R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB5 VirB6 TrwI TrwJ / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Arches-protomer R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB8 VirB10 TrwG TrwE / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS inner membrane complex IMC IMC-protomer Extended IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwI TrwG TrwE / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Stalk inner membrane complex IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB5 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwJ TrwI TrwG TrwE

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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