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Structure paper

タイトルPanDDA analysis group deposition
ジャーナル・号・ページChemrxiv, Year 2023
掲載日2022年5月30日 (構造データの登録日)
著者Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhinsky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P. / Brenk, R.
リンクChemrxiv / PubMedで検索
手法X線回折
解像度1.49 - 2.38 Å
構造データ

PDB-5sn5:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z2856434897
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-5sn6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z2856434942
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-5sn7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z32327641
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-5sn8:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z375990520
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-5sn9:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z57258487
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-5sna:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z30620520
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-5snb:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1545313172
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5snc:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z768399682
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-5snd:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1217960891
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-5sne:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z192955056
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-5snf:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z87615031
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

PDB-5sng:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z383325512
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-5snh:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z198194394
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5sni:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z285782452
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-5snj:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z906021418
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-5snk:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z2856434941
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-5snl:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z2027049478
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-5snm:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z135439900
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-5snn:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1954800564
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-5sno:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z364368134
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-5snp:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z381729066
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5snq:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1891773476
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-5snr:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z198195770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-5sns:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1354416068
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-5snt:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z30820160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-5snu:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z2856434770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-5snv:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z295848548
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5snw:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z730649594
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-5snx:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1267881672
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

PDB-5sny:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1827602749
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-5snz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z44567722
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-5so0:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z24758179
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.28 Å

PDB-5so1:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z30620520
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-5so2:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z31504642
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.38 Å

PDB-5so3:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with JKH100B
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-5so4:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with JKH93A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-5so5:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with JKH93B
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-5so6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z26968795
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-5so7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z219104216
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-5so8:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z85895198
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5so9:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1622626423
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-5soa:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1613492358
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-5sob:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z2204875953
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-5soc:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1530301542
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-5sod:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1730522163
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5soe:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z1429867185
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-5sof:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z373768900
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5sog:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z57328997
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-5soh:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa FabF-C164Q mutant protein in complex with Z31432226
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

化合物

ChemComp-Q40:
1-(2-phenylethyl)piperidine-4-carboxamide

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EJQ:
~{N}-(4-fluorophenyl)-2-pyrrolidin-1-yl-ethanamide

ChemComp-JMM:
[4-(cyclopropanecarbonyl)piperazin-1-yl](furan-2-yl)methanone

ChemComp-K0Y:
methyl N-(5-methyl-1,2-oxazole-3-carbonyl)glycinate

ChemComp-NVD:
N-{[4-(dimethylamino)phenyl]methyl}-4H-1,2,4-triazol-4-amine

ChemComp-GX4:
cyclopropyl-[4-(4-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone

ChemComp-LWA:
(2~{S})-~{N}-(4-aminocarbonylphenyl)oxolane-2-carboxamide

ChemComp-K0D:
[(2R,5S)-2,5-dimethylmorpholin-4-yl](1,2,5-thiadiazol-3-yl)methanone

ChemComp-Q49:
(3S)-3-(3-fluorophenoxy)-1-methylpyrrolidin-2-one

ChemComp-Q4L:
methyl 4-(4-fluorophenyl)piperazine-1-carboxylate

ChemComp-UQM:
N-[4-(2-amino-2-oxoethyl)phenyl]acetamide

ChemComp-UV7:
N-[(1H-pyrazol-4-yl)methyl]acetamide

ChemComp-O1M:
4-(4-fluorophenyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-UVA:
N-methyl-2-(methylsulfonyl)aniline

ChemComp-K2G:
5-chloro-2-(propan-2-yl)pyrimidine-4-carboxamide

ChemComp-GOV:
(2S)-1-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]amino}propan-2-ol

ChemComp-K34:
5-(1,3-thiazol-2-yl)-1H-1,2,4-triazole

ChemComp-Q4U:
N,N-diethyl-3-methyl-1,2-oxazole-5-carboxamide

ChemComp-NZ1:
5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine / 5-メトキシベンゾチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-Q5H:
3-acetamido-2-methylbenzoic acid

ChemComp-Q5L:
N-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-3-carboxamide

ChemComp-Q5U:
1-[(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]-N-methylmethanamine / メチル[(2,3-ジヒドロ-1,4-ベンゾジオキシン)-2-イルメチル]アミン

ChemComp-LJA:
N-[3-(carbamoylamino)phenyl]acetamide

ChemComp-X1J:
1-(5-amino-2H-isoindol-2-yl)ethan-1-one

ChemComp-JFP:
N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide

ChemComp-JFJ:
1-(3-chlorophenyl)-N-methylmethanamine / メチル(3-クロロベンジル)アミン

ChemComp-X0G:
4-[(3-cyclopropyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methyl]morpholine

ChemComp-NUM:
N-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]pyridine-2-carboxamide

ChemComp-WN4:
N-(6-methylpyridin-2-yl)-L-prolinamide / N-(6-メチル-2-ピリジニル)-L-プロリンアミド

ChemComp-K04:
(2S,3S)-3-methyl-N-(1,2,3-thiadiazol-5-yl)tetrahydrofuran-2-carboxamide (non-preferred name)

ChemComp-K0V:
methyl 1-(tert-butylcarbamoyl)piperidine-4-carboxylate

ChemComp-6SU:
methyl 3-(methylsulfonylamino)benzoate / 3-(メチルスルホニルアミノ)安息香酸メチル

ChemComp-WJD:
2-methoxy-N-phenylacetamide

ChemComp-Q63:
ethyl (2R,3S)-2-fluoro-3-hydroxy-3-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)propanoate

ChemComp-Q4K:
ethyl (2~{S},3~{R})-3-(5-bromanylpyridin-2-yl)-2-fluoranyl-3-oxidanyl-propanoate

ChemComp-Q6C:
ethyl (2R,3S)-3-(4-chloropyridin-2-yl)-2-fluoro-3-hydroxypropanoate

ChemComp-Q6O:
N-(4-chloro-2,5-dimethoxyphenyl)acetamide / 1,4-ジメトキシ-2-(アセチルアミノ)-5-クロロベンゼン

ChemComp-RZS:
6-(ethylamino)pyridine-3-carbonitrile

ChemComp-Q6X:
N-(4-fluorobenzoyl)-N-methylglycine / [N-(4-フルオロベンゾイル)-N-メチルアミノ]酢酸

ChemComp-Q76:
N-[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-L-alaninamide

ChemComp-Q7E:
(2R)-4-(1H-pyrazol-1-yl)butan-2-ol

ChemComp-Q7L:
(3P)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1H-pyrazole

ChemComp-ZQA:
4-ethyl-2-(1H-imidazol-5-yl)-1,3-thiazole

ChemComp-Q7X:
1-[(2R)-8-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl]ethan-1-one

ChemComp-VVP:
4-methoxy-1H-indole / 4-メトキシ-1H-インド-ル

ChemComp-NUA:
N-(1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)cyclobutanecarboxamide

ChemComp-S2Y:
~{N}-[(4-fluorophenyl)methyl]-4-methoxy-aniline / N-(4-フルオロベンジル)-4-メトキシアニリン

ChemComp-JGP:
(azepan-1-yl)(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methanone

由来
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
キーワードTRANSFERASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / FabF / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase II

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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