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Structure paper

タイトルOpen and closed forms of assembled henipavirus nucleoprotein suggest structural basis of genome access.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 20, Page eaed8300, Year 2026
掲載日2026年5月15日
著者Rupesh Balaji Jayachandran / Erwan Quignon / Max Renner /
PubMed 要旨Henipaviruses, such as Nipah virus, can cause deadly illness and constitute WHO blueprint priorities due to their pandemic potential. Their genomes are packaged within a nucleocapsid consisting of ...Henipaviruses, such as Nipah virus, can cause deadly illness and constitute WHO blueprint priorities due to their pandemic potential. Their genomes are packaged within a nucleocapsid consisting of viral nucleoproteins (N). Now, it is unclear how the encapsidated genome is released from N to allow the viral polymerase to read its sequence. Here, we present the high-resolution cryo-EM structure of a helical N-RNA filament from Langya henipavirus (LayV), allowing us to identify vertical interactions crucial for assembly. We show that assembly efficiency is sequence-dependent and prefers 5'-genomic sequences. Further, we solve the structure of an RNA-free assembly of LayV-N. Structural comparison of the RNA-bound and RNA-free LayV-N shows a conformational opening and closing, even within the assembled state. Our data suggest that N within nucleocapsids may undergo local conformational changes, switching between closed and open states, to temporarily allow access to the encapsidated RNA without nucleocapsid disruption.
リンクSci Adv / PubMed:42127178 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度2.6 - 3.1 Å
構造データ

55586

9t5k

EMDB-55586, PDB-9t5k:
Local refinement of RNA-free assembled Langya virus N-core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

55587

9t5l

EMDB-55587, PDB-9t5l:
Helical reconstruction of Langya henipavirus N-core nucleocapsid-like complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-55588: Langya henipavirus Ncore 13mer Ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

由来
  • langya virus (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRAL PROTEIN / Henipavirus / Langya virus / cryo-EM / nucleocapsid / nucleoprotein / RNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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