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Structure paper

タイトルStructural and molecular basis of specialized translation mediated by the ribosome mRNA-binding channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年4月29日
著者Davide Fraticelli / Disha Gajanan Hiregange / Benjamin Weiss / Ariel Ogran / Tal Havkin-Solomon / Irene Martinez Roman / Anat Bashan / Ada Yonath / Rivka Dikstein /
PubMed 要旨The ribosome mRNA channel is central to translation, yet its role in regulatory mechanisms remains unclear. Using cryo-EM of human ribosomal complexes bound to Kozak and TISU mRNAs from wild-type (WT) ...The ribosome mRNA channel is central to translation, yet its role in regulatory mechanisms remains unclear. Using cryo-EM of human ribosomal complexes bound to Kozak and TISU mRNAs from wild-type (WT) and RPS26/eS26 mutant (RPS26dC) cells, we demonstrate that both RPS26/eS26 and mRNA adopt distinct conformations, explaining the opposing effects of RPS26dC on their activity. Translatome studies of WT and RPS26dC reveal AUG-context-dependent changes in 48S and 80S initiation complexes and slower scanning. Downregulated mRNAs are enriched for specific AUG-upstream nucleotides and a -1-cytosine contacting 18S rRNA G1207, an interaction lost in RPS26dC. Strongly affected transcripts include replication-dependent histones, which, despite short 5'UTRs and suboptimal Kozak, exhibit robust translation activity that is RPS26/eS26-dependent. We identify a translational enhancer in the H2B 5'UTR (-16 to -9) overlapping predicted RPS26/eS26-binding sites, with a distinct ribosome-bound conformation. Exploiting these features, we engineered a high-efficiency translational cassette with minimal leaky scanning. These findings underscore the role of the ribosome's mRNA channel in selective translation and its therapeutic potential.
リンクNat Commun / PubMed:42056121
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.0 Å
構造データ

54265

9ru7

EMDB-54265, PDB-9ru7:
WT-HEK 80S ribosome bound to Kozak mRNA (WT-Kozak)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

54266

9ru8

EMDB-54266, PDB-9ru8:
WT-HEK 80S ribosome bound to TISU mRNA (WT-TISU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

54267

9ru9

EMDB-54267, PDB-9ru9:
RPS26dC HEK mutant 80S ribosome bound to Kozak mRNA (RPS26dC-Kozak)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

54268

9rua

EMDB-54268, PDB-9rua:
RPS26dC HEK mutant 80S ribosome bound to TISU mRNA (RPS26dC-TISU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

54269

9ruc

EMDB-54269, PDB-9ruc:
WT-HEK 80S ribosome bound to H2B mRNA (WT-H2B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-C:
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HYG:
HYGROMYCIN B / 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE

ChemComp-SAC:
N-ACETYL-SERINE

ChemComp-AME:
N-ACETYLMETHIONINE

ChemComp-MET:
METHIONINE

ChemComp-ANM:
ANISOMYCIN

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / 80S Ribosome / Kozak mRNA / Human / eS26 / WT-HEK / TISU mRNA / RPS26dC / H2B mRNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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