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Structure paper

タイトルDirect from the seed: an atomic resolution protein structure by ab initio MicroED.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年2月14日
著者Purna Chandra Rao Vasireddy / Timothy Low-Beer / Katherine A Spoth / Devrim Acehan / Matthew R Crawley / Michael W Martynowycz /
PubMed 要旨While purifying the seed protein crambin, we find that needles of pure protein nanocrystals form spontaneously during the drying of a simple ethanolic purification drop. These needles diffract X-rays ...While purifying the seed protein crambin, we find that needles of pure protein nanocrystals form spontaneously during the drying of a simple ethanolic purification drop. These needles diffract X-rays weakly but are well-suited for microcrystal electron diffraction (MicroED). Merging data from 58 such nanocrystals yields diffraction to 0.85 Å resolution and solves the structure ab initio using a five-residue helical fragment to initiate density modification. The resulting map enables automated model building and resolves individual hydrogen atoms. This work reports an atomic resolution MicroED structure of the protein crambin solved ab initio. This study establishes a publicly available benchmark showing that sub-ångström ab initio MicroED can be achieved on standard 200 kV instrumentation without energy filtering or FIB milling, when serial merging is combined with anisotropy aware truncation to address preferred orientation. For this dataset, isotropic truncation alone did not produce a fragment placement suitable for phasing in this workflow, whereas applying anisotropy correction supported an ab initio solution.
リンクNat Commun / PubMed:41690942 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学)
解像度0.85 Å
構造データ

PDB-9pis:
Ab initio structure of crambin by MicroED at 0.85A
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 0.85 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
キーワードPLANT PROTEIN / Seed protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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