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Structure paper

タイトルElucidating the structure and assembly mechanism of actinoporin pores in complex membrane environments.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 39, Page eadv0683, Year 2025
掲載日2025年9月26日
著者Rocío Arranz / César Santiago / Simonas Masiulis / Esperanza Rivera-de-Torre / Juan Palacios-Ortega / Diego Carlero / Diego Heras-Márquez / José G Gavilanes / Ernesto Arias-Palomo / Álvaro Martínez-Del-Pozo / Sara García-Linares / Jaime Martín-Benito /
PubMed 要旨Pore-forming proteins exemplify the transformative potential of biological molecules. Produced as soluble monomers, they assemble into multimeric membrane-inserted complexes in response to specific ...Pore-forming proteins exemplify the transformative potential of biological molecules. Produced as soluble monomers, they assemble into multimeric membrane-inserted complexes in response to specific membrane environments. Actinoporins, a class of pore-forming proteins from sea anemones, target membranes to kill cells. Here, we report cryogenic electron microscopy structures of two actinoporins, fragaceatoxin C and sticholysin II, reconstituted in lipid membranes. The structures reveal an ordered arrangement of dozens of lipid molecules that form an integral part of the pore architecture. We also captured distinct oligomeric intermediates, arc-shaped assemblies with monomers in transitional conformations, representing key snapshots along the pore formation pathway. These data provide direct structural evidence for a stepwise mechanism in which monomers sequentially bind the membrane and undergo conformational changes that drive pore assembly and membrane disruption. Our findings reveal how these proteins reshape membranes and offer mechanistic insights into their cytolytic activity. This work broadens our understanding of pore-forming proteins, which are gaining increasing relevance in diverse biotechnological applications.
リンクSci Adv / PubMed:40991702 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 4.9 Å
構造データ

51384

9gj8

EMDB-51384, PDB-9gj8:
Structure of Sticholisin II in large unilamellar vesicles.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

51420

9gki

EMDB-51420, PDB-9gki:
Structure of 5mer pore intermediate of Sticholysin II (StnII) toxin in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

51426

9gkl

EMDB-51426, PDB-9gkl:
Structure of the octameric pore of Fragaceotxin C (FraC or DELTA-actitoxin-Afr1a) in large unilamellar vesicles.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

51431

9gko

EMDB-51431, PDB-9gko:
Structure of 6mer pore intermediate of Sticholysin II (StnII) toxin in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

51432

9gkp

EMDB-51432, PDB-9gkp:
Structure of fragacetoxin C in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-FO4:
sphingomyelin

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
  • actinia fragacea (イソギンチャク)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sticholisin / nanodisc / toxin / actinoporin / LUVs

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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