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Structure paper

タイトルDirect visualization of HIV-1 core nuclear import and its interplay with the nuclear pore.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 26, Issue 21, Page 5133-5153, Year 2025
掲載日2025年8月29日
著者Zhen Hou / Stanley Fronik / Yao Shen / Long Chen / Christopher Thompson / Sarah Neumann / Peijun Zhang /
PubMed 要旨Direct visualization of HIV-1 nuclear import through the nuclear pore complex (NPC) presents a technical challenge due to the rarity of this process. To enable systematic investigation, we developed ...Direct visualization of HIV-1 nuclear import through the nuclear pore complex (NPC) presents a technical challenge due to the rarity of this process. To enable systematic investigation, we developed a robust in situ system that mimics HIV-1 nuclear import in a near-native context using isolated HIV-1 virus like particles (VLP) cores and permeabilized CD4 + T lymphocyte (CEM) cells. This approach supports docking and translocation of abundant viral cores through nuclear pores into the nucleus. For high-resolution visualization, we implemented an integrated correlative approach to guide cryo-focused ion beam (cryo-FIB) milling and cryo-electron tomography (cryo-ET) imaging, enabling precise targeting and structural characterization of individual nuclear import events. Using this workflow, we visualized 510 HIV-1 VLP cores at distinct stages of nuclear import, capturing key snapshots of the full progression of nuclear import. Subsequent statistical and structural analyses allow classification of core morphologies and identification of translocation-associated remodeling in nuclear pores. This work provides a methodological foundation for dissecting HIV-1 and potentially other viruses nuclear import processes and post-entry events in a controlled and quantitative manner.
リンクEMBO Rep / PubMed:40883508 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度12.5 - 38.0 Å
構造データ

EMDB-53458: In situ cryo-EM structure of HIV-1 VLP CA hexamer before the nuclear import
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.5 Å

EMDB-53459: In situ cryo-EM structure of HIV-1 VLP hexamer in the NPC
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.5 Å

EMDB-53460: In situ cryo-EM structure of HIV-1 VLP hexamer after the nuclear import
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.5 Å

EMDB-54198: In-situ structure of cytoplasmic ring of NPC of CEM T lymphoblast cell
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-54199: In-situ structure of inner ring of NPC of CEM T lymphoblast
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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