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Structure paper

タイトルDoublet decoding of tRNA demonstrates plasticity of ribosomal decoding center.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 5402, Year 2025
掲載日2025年6月26日
著者Shruthi Krishnaswamy / Shirin Akbar / Daniel S D Larsson / Yang Chen / Maria Selmer /
PubMed 要旨Frameshifts can be caused by specific combinations of tRNA and mRNA. The wildtype AGC-decoding E. coli tRNA has been shown to induce -1 ribosomal frameshifting on GCA alanine codons, and proposed to ...Frameshifts can be caused by specific combinations of tRNA and mRNA. The wildtype AGC-decoding E. coli tRNA has been shown to induce -1 ribosomal frameshifting on GCA alanine codons, and proposed to read a two-base codon instead of a canonical triplet. However, it has remained unclear whether this type of non-cognate decoding can be accommodated by the ribosome. Here, we perform single-particle cryo-EM reconstructions on E. coli 70S ribosomes with the frameshift-inducing tRNA bound to the non-cognate GCA codon or the cognate AGC codon in the ribosomal A site. The structures demonstrate that doublet decoding is made possible when A1493, the conserved monitoring base in 16S rRNA, mimics a first codon base, forming a Hoogsteen base pair with U36 from the anticodon and stacking with the mRNA. This interaction pushes the first two bases of the A-site codon in position for base pairing with C35 and G34 of the anticodon.
リンクNat Commun / PubMed:40571681 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.49 - 2.61 Å
構造データ

51679

9gxx

EMDB-51679, PDB-9gxx:
70S ribosome with doublet-decoding tRNASer3 bound to A-site GCA codon
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

51758

9h0l

EMDB-51758, PDB-9h0l:
70S ribosome with cognate tRNASer3 bound to A-site AGC codon
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / decoding / frame shift / translation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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