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タイトルStructure of a stripped-down and tuned-up far-red phycobilisome.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 907, Year 2025
掲載日2025年6月10日
著者Giovanni Consoli / Ho Fong Leong / Geoffry A Davis / Tom Richardson / Aiysha McInnes / James W Murray / Andrea Fantuzzi / A William Rutherford /
PubMed 要旨A diverse subset of cyanobacteria can transiently modify their photosynthetic machinery during far-red light photoacclimation to drive photosynthesis with less energetic photons (700 nm-800 nm). ...A diverse subset of cyanobacteria can transiently modify their photosynthetic machinery during far-red light photoacclimation to drive photosynthesis with less energetic photons (700 nm-800 nm). To achieve this, all the main light-driven components of the photosynthetic apparatus, including their allophycocyanin antenna, are replaced with red-shifted paralogues. Recent studies based on the structure of an incomplete complex provided some insights into the tuning of the far-red phycobiliproteins. Here, we solved the structure of the intact bicylindrical allophycocyanin complex from the cyanobacterium Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 at a resolution of 2.51 Å determined by Cryo-electron microscopy single particle analysis. A comparison between conserved structural features in far-red and white light allophycocyanin cores provides insight on the evolutionary adaptations needed to optimize excitation energy transfer in the far-red light adapted photosynthetic apparatus. The reduction in antenna size in far-red photosynthesis suggests a need to optimize membrane packing to increase the number of photosystems and tune the ratio between chlorophyll f molecules and bilin pigments, while the wider spread in the absorption range of the bilins suggests faster and more efficient excitation energy transfer to far-red Photosystem II by limiting backflow of excitation from the reaction centres to the far-red bilin pigments.
リンクCommun Biol / PubMed:40494956 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.51 Å
構造データ

52573

9i1r

EMDB-52573, PDB-9i1r:
Structure of the bicylindrical allophycocyanin core expressed during far-red light photoacclimation (FaRLiP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

化合物

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Chroococcidiopsis thermalis (バクテリア)
  • chroococcidiopsis thermalis pcc 7203 (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycobilisome / Allophycocyanin / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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