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Structure paper

タイトルReal-space heterogeneous reconstruction, refinement, and disentanglement of CryoEM conformational states with HetSIREN.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3751, Year 2025
掲載日2025年4月22日
著者David Herreros / Carlos Perez Mata / Chari Noddings / Deli Irene / James Krieger / David A Agard / Ming-Daw Tsai / Carlos Oscar Sanchez Sorzano / Jose Maria Carazo /
PubMed 要旨Single-particle analysis by Cryo-electron microscopy (CryoEM) provides direct access to the conformations of macromolecules. Traditional methods assume discrete conformations, while newer algorithms ...Single-particle analysis by Cryo-electron microscopy (CryoEM) provides direct access to the conformations of macromolecules. Traditional methods assume discrete conformations, while newer algorithms estimate conformational landscapes representing the different structural states a biomolecule explores. This work presents HetSIREN, a deep learning-based method that can fully reconstruct or refine a CryoEM volume in real space based on the structural information summarized in a conformational latent space. HetSIREN is defined as an accurate space-based method that allows spatially focused analysis and the introduction of sinusoidal hypernetworks with proven high analytics capacities. Continuing with innovations, HetSIREN can also refine the images' pose while conditioning the network with additional constraints to yield cleaner high-quality volumes, as well as addressing one of the most confusing issues in heterogeneity analysis, as it is the fact that structural heterogeneity estimations are entangled with pose estimation (and to a lesser extent with CTF estimation) thanks to its decoupling architecture.
リンクNat Commun / PubMed:40263313 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 Å
構造データ

51279

9gdx

EMDB-51279, PDB-9gdx:
SARS-CoV-2 Spike protein Beta Variant at 4C structural flexibility / heterogeneity analyses
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

51280

9gdy

EMDB-51280, PDB-9gdy:
SARS-CoV-2 Spike protein Beta Variant at 37C structural flexibility / heterogeneity analyses
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike Protein / temperature dependence

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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