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Structure paper

タイトルThe cryo-EM structure and physical basis for anesthetic inhibition of the THIK1 K2P channel.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 14, Page e2421654122, Year 2025
掲載日2025年4月8日
著者Elena B Riel / Weiming Bu / Thomas T Joseph / Leila Khajoueinejad / Roderic G Eckenhoff / Paul M Riegelhaupt /
PubMed 要旨THIK1 tandem pore domain (K2P) potassium channels regulate microglial surveillance of the central nervous system and responsiveness to inflammatory insults. With microglia recognized as critical to ...THIK1 tandem pore domain (K2P) potassium channels regulate microglial surveillance of the central nervous system and responsiveness to inflammatory insults. With microglia recognized as critical to the pathogenesis of neurodegenerative diseases, THIK1 channels are putative therapeutic targets to control microglia dysfunction. While THIK channels can principally be distinguished from other K2Ps by their distinctive inhibitory response to volatile anesthetics (VAs), molecular details governing THIK channel gating remain largely unexplored. Here, we report a 3.2 Å cryo-electron microscopy structure of the THIK1 channel in a closed conformation. A central pore gate located directly below the THIK1 selectivity filter is formed by inward-facing TM4 helix tyrosine residues that occlude the ion conduction pathway. VA inhibition of THIK requires closure of this central pore gate. Using a combination of anesthetic photolabeling, electrophysiology, and molecular dynamics simulation, we identify a functionally critical THIK1 VA binding site positioned between the central gate and a structured section of the THIK1 TM2/TM3 loop. Our results demonstrate the molecular architecture of the THIK1 channel and elucidate critical structural features involved in regulation of THIK1 channel gating and anesthetic inhibition.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40178898 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

47258

9dwn

EMDB-47258, PDB-9dwn:
hTHIK1 Cryo-EM structure in GDN detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / KCNK13 (THIK1) K2P ion channel dimer / CHS/GDN detergent / HEK293GnTi-

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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