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Structure paper

タイトルActivation and inhibition mechanisms of a plant helper NLR.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 639, Issue 8054, Page 438-446, Year 2025
掲載日2025年2月12日
著者Yinyan Xiao / Xiaoxian Wu / Zaiqing Wang / Kexin Ji / Yang Zhao / Yu Zhang / Li Wan /
PubMed 要旨Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors sense pathogen effectors and form resistosomes to confer immunity. Some sensor NLR resistosomes produce small molecules to induce ...Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors sense pathogen effectors and form resistosomes to confer immunity. Some sensor NLR resistosomes produce small molecules to induce formation of a heterotrimer complex with two lipase-like proteins, EDS1 and SAG101, and a helper NLR called NRG1 (refs. ). Activation of sensor NLR resistosomes also triggers NRG1 oligomerization and resistosome formation at the plasma membrane. We demonstrate that the Arabidopsis AtEDS1-AtSAG101-AtNRG1A heterotrimer formation is stabilized by the AtNRG1A loss-of-oligomerization mutant L134E. We report structures of AtEDS1-AtSAG101-AtNRG1A L134E and AtEDS1-AtSAG101-AtNRG1C heterotrimers with similar assembly mechanisms. AtNRG1A signalling is activated by the interaction with the AtEDS1-AtSAG101 heterodimer in complex with their small-molecule ligand. The truncated AtNRG1C maintains core interacting domains of AtNRG1A but develops further interactions with AtEDS1-AtSAG101 to outcompete AtNRG1A. Moreover, AtNRG1C lacks an N-terminal signalling domain and shows nucleocytoplasmic localization, facilitating its sequestration of AtEDS1-AtSAG101, which is also nucleocytoplasmic. Our study shows the activation and inhibition mechanisms of a plant helper NLR.
リンクNature / PubMed:39939758
手法EM (単粒子)
解像度3.1 Å
構造データ

39383

8yl6

EMDB-39383, PDB-8yl6:
EDS1-SAG101-NRG1A L134E heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

39384

8yl7

EMDB-39384, PDB-8yl7:
EDS1-SAG101-NRG1C heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

PDB-1l15:
CONTRIBUTIONS OF HYDROGEN BONDS OF THR 157 TO THE THERMODYNAMIC STABILITY OF PHAGE T4 LYSOZYME

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードIMMUNE SYSTEM/HYDROLASE / Effector-triggered immunity (ETI) / Enhanced Disease Susceptibility1 / Senescence-Associated Gene101 / N Required Gene 1.1 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE complex / N Required Gene 1.3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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